HTML documents including plotly plots are not reproducible
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- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 2.7k
- Forks
- 641
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Descripción
I believe it is known that the value of plotly::plot_ly(x = 1, y = 1)$x$cur_data is hard to reproduce, compare https://github.com/plotly/plotly.R/issues/1048. Some work has been done in #1379 towards use in shinytest at least.
I am also using shinytest, but in my app, users are downloading HTML files with plotly plots generated using rmarkdown::render(). So these files are still non-reproducible because I cannot seem to use renderPlotly() inside rmarkdown::render(). To see the problem:
bug.Rmd:
---
output: html_document
---
```{r}
plotly::plot_ly(x = 1, y = 1)
```
Then run R -q -s -e 'rmarkdown::render("bug.Rmd")' and see the value of cur_data in bug.html change every time you regenerate it.
I see two options:
- I could replicate the logic of
https://github.com/plotly/plotly.R/blob/bab01af316673e35d8314129178bfb27eed27fe7/R/shiny.R#L46-L53
inside bug.Rmd, like this:
However, this breaks the plot. Any way I can make this work?p <- plotly::plot_ly(x = 1, y = 1) p$x$attrs <- NULL # and a few more p - I have also tried putting this inside
bug.Rmd:
butshiny::snapshotPreprocessOutput( plotly::plot_ly(x = 1, y = 1), function(value) { # https://github.com/plotly/plotly.R/blob/3d49fbc5897703d58b/R/shiny.R#L68 json <- jsonlite::from_JSON(value) json$x <- json$x[setdiff(names(json$x), c("visdat", "cur_data", "attrs"))] # https://github.com/plotly/plotly.R/blob/3d49fbc589/R/utils.R#L1020-L1025 jsonlite::toJSON(json, digits = 50, auto_unbox = TRUE, force = TRUE, null = "null", na = "null", time_format = "%Y-%m-%d %H:%M:%OS6" ) } )rmarkdown::render()seemed to ignore it, even insideshinytest(or did I do anything wrong there)? - One could amend #1365 to take into account a hash of the current plot serialization to avoid generating identical IDs even if the external seed is reset to the same values externally. This would avoid the need for
tempfile().
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Reproduce el problema con bug.Rmd y R -q -s -e 'rmarkdown::render("bug.Rmd")' y, a continuación, compare el valor de cur_data en bug.html entre distintas renderizaciones. Lea la lógica referenciada en R/shiny.R y R/utils.R, junto con los issues relacionados #1048, #1379 y #1365. Se considera terminado cuando los documentos HTML renderizados con rmarkdown::render() producen datos de gráficos reproducibles sin romper el gráfico.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- javascript, r
- Área
- data-visualization, web-dev
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Necesita aclaración
- Aptitud para principiantes
- 25/100