matplotlib / matplotlib/ipympl
Memory leak
Nadie ha tomado este issue todavía.
- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 1.7k
- Forks
- 234
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Descripción
Describe the issue
Plotting a 30M row data frame causes memory only to increase. Also memory isn't collected by gc.collect.
As discussed with matplotlib guys in https://github.com/matplotlib/matplotlib/issues/21259 (and Jupyter guys: https://github.com/jupyterlab/jupyterlab/issues/11182) - we tested and it works as intended. I tested further and think I found the issue - %matplotlib widget:
%matplotlib widget # if this is commented out, gc.collect releases the memory
import gc
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import pandas as pd
zeros = pd.Series(np.zeros(30_000_000))
df = pd.concat([zeros, zeros, zeros, zeros], axis=1)
FROM = 0
TO = 10_000_000 # df.shape[0]
color_spread = "grey"
fig, axs = plt.subplots(1, 1, sharex=True)
ax2 = axs.twinx()
ax2.plot(df[df.columns[0]][FROM:TO], color="blue")
ax2.plot(df[df.columns[1]][FROM:TO], color="red")
ax2.tick_params(axis="y", labelcolor="red")
ax1 = axs.twinx()
ax1.plot(df[df.columns[2]][FROM:TO], color="orange")
ax1.plot(df[df.columns[3]][FROM:TO], color="yellow")
fig.tight_layout()
plt.show()
gc.collect()
Versions
3.7.10 | packaged by conda-forge | (default, Feb 19 2021, 16:07:37)
[GCC 9.3.0]
ipympl version: 0.7.0
jupyter core : 4.7.1
jupyter-notebook : 6.4.3
qtconsole : not installed
ipython : 7.27.0
ipykernel : 6.4.1
jupyter client : 7.0.2
jupyter lab : 3.1.11
nbconvert : 6.1.0
ipywidgets : 7.6.5
nbformat : 5.1.3
traitlets : 5.1.0
Config option `kernel_spec_manager_class` not recognized by `ListNBExtensionsApp`.
Known nbextensions:
config dir: /home/test/PROGS/miniconda3/envs/puma-lab/etc/jupyter/nbconfig
notebook section
jupyter-matplotlib/extension enabled
- Validating: OK
nbdime/index enabled
- Validating: OK
jupyter-js-widgets/extension enabled
- Validating: OK
nbextensions_configurator/config_menu/main enabled
- Validating: problems found:
- require? X nbextensions_configurator/config_menu/main
contrib_nbextensions_help_item/main enabled
- Validating: OK
tree section
nbextensions_configurator/tree_tab/main enabled
- Validating: problems found:
- require? X nbextensions_configurator/tree_tab/main
Config option `kernel_spec_manager_class` not recognized by `ListLabExtensionsApp`.
[W 2021-10-07 12:20:00.836 LabApp] Config option `kernel_spec_manager_class` not recognized by `LabApp`.
JupyterLab v3.1.11
/home/test/PROGS/miniconda3/envs/puma-lab/share/jupyter/labextensions
jupyter-matplotlib v0.9.0 enabled OK
nbdime-jupyterlab v2.1.0 enabled OK
@jupyterlab/git v0.32.2 enabled OK (python, jupyterlab-git)
@pyviz/jupyterlab_pyviz v2.1.0 enabled OK (python, pyviz_comms)
@jupyter-widgets/jupyterlab-manager v3.0.1 enabled OK (python, jupyterlab_widgets)
Other labextensions (built into JupyterLab)
app dir: /home/test/PROGS/miniconda3/envs/puma-lab/share/jupyter/lab
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Comienza con el reproductor mínimo proporcionado en un cuaderno de Jupyter, comparando el comportamiento de la memoria con %matplotlib widget habilitado y comentado. Investiga la integración del widget de ipympl y verifica que, después de trazar y llamar a gc.collect(), se libere como se espera la memoria del data frame y del gráfico.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- jupyter-notebook, python
- Área
- backend, frontend
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bastante claro
- Aptitud para principiantes
- 25/100