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VH-Lab

索引済みのリポジトリ 12 件 · GitHub で見る

NDI-matlab
NDI (Neuroscience Data Interface) is a cross-platform interface standard for reading neuroscience data and storing the results of analyses

HTML · スター 15 個
vhlab-toolbox-matlab
General purpose Matlab toolbox for neuroscience research created by Van Hooser lab and collaborators

MATLAB · スター 12 個
NDR-matlab
Neuroscience Data Readers - A Matlab conglomerative library for reading neuroscience data files

MATLAB · スター 2 個
NDIcalc-vis-matlab
NDI calculator objects and documents for vision research

MATLAB · スター 1 個
DID-matlab
Data Interface Database

MATLAB · スター 1 個
NDI-pyraview-matlab
NDI-matlab signal viewer

MATLAB · スター 0 個
vhlab-library-matlab
VH Lab Matlab libraries; functions that manage and analyze VH lab experiments that are a less general than vhlab-toolbox-matlab

MATLAB · スター 0 個
vhlab-NewStim-python
Python data readers for the vhlab-NewStim-matlab class

Python · スター 0 個
vhlab-library-python
A python conversion of vhlab-library-matlab

Python · スター 0 個
Pyraview
Routines for generating different views of data series (e.g., 1:100, 1:1000, 1:10000 views, etc)

MATLAB · スター 0 個
vhlab-grading-matlab
Small programs / apps for grading

MATLAB · スター 0 個
DID-python
DID database implementation in python

Python · スター 0 個

初心者向けすべて

オープンすべて

Deprecate `ndi.app.oridirtuning` in favor of `ndi.calc.vis.oridir_tuning` オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 74/100

VH-Lab/NDI-matlab#1001 · 2026年9月20日に作成
extract_docs_files: staged file-series member copies (and the temp dir) leak on success in copy mode オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

VH-Lab/NDI-matlab#1000 · 2026年9月19日に作成
Make ndi.common.PathConstants.TempFolder configurable at runtime オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

VH-Lab/NDI-matlab#999 · 2026年9月19日に作成
Design: speed_tuning_bootstrap calculator (bootstrap CIs on the spatiotemporal coupling index) オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

VH-Lab/NDIcalc-vis-matlab#108 · コメント 1 件 · 2026年9月18日に作成
Remove dead `stimloopsplitter_calc` schema from main オープン

難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 94/100

VH-Lab/NDIcalc-vis-matlab#107 · 2026年9月17日に作成
did.document should mint the shape it was asked for, not always V_delta canonical (V2) オープン

design V2

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

VH-Lab/DID-matlab#204 · 2026年9月16日に作成
File readers and GUIs should handle glacier-storage data gracefully (not just "file not found") オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

VH-Lab/NDI-matlab#996 · 2026年9月16日に作成
GUI for managing document storage tiers (glacier ↔ standard) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

VH-Lab/NDI-matlab#995 · 2026年9月16日に作成
Feature: Allow the light sheet ingestion to proceed directly into the cloud オープン

enhancement

VH-Lab/NDI-matlab#983 · 担当者 1 名 · 2026年9月12日に作成
Export a bin1-only .gef (and .h5ad) back out of the documents オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

VH-Lab/NDI-matlab#980 · 2026年9月9日に作成
Multipart upload: single-file uploads are capped at 5 GB and fail late オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

VH-Lab/NDI-matlab#978 · 2026年9月9日に作成
`ndi.element` should reject whitespace in `name` and `type` オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 75/100

VH-Lab/NDI-matlab#976 · 2026年9月8日に作成
minor `syncTriggerTrains`: the seed for a candidate offset is anchored at pulse 1, not at the fingerprint that produced it オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

VH-Lab/NDI-matlab#975 · 2026年9月8日に作成
Suggestion: rename the customFileHandler context mode 'add' to 'ingest' オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

VH-Lab/DID-matlab#195 · 2026年9月8日に作成
Does updateObjectTypeMarker miss a dataset whose session_in_a_dataset belongs to another session? オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

VH-Lab/NDI-matlab#974 · 2026年9月8日に作成
Note: the ndi-documents signed-url-set JOB route has never been called against a live server オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 78/100

VH-Lab/NDI-matlab#971 · 2026年9月7日に作成
Refactor spatialGeneExpressionTiles onto DID file series (and number members from 1) オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

VH-Lab/NDI-matlab#938 · 2026年9月6日に作成
Optional ingest-time gating for untrusted document sources オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

VH-Lab/DID-python#63 · 2026年9月4日に作成
Optional ingest-time gating for untrusted document sources オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

VH-Lab/DID-matlab#172 · 2026年9月4日に作成
[Optional — design suggestion, not a bug] Folder scan merges every `*_L*.bin` in a directory into one dataset オープン

enhancement optional question

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

VH-Lab/Pyraview#29 · 2026年9月3日に作成
What vhlab-library-python and NDI-python actually need from here: five calls, and a .mat object reader under them オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

VH-Lab/vhlab-NewStim-python#3 · 2026年9月2日に作成
Question: should the presentation half be rebuilt on PsychoPy, in a separate repository? オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

VH-Lab/vhlab-NewStim-python#2 · 2026年9月2日に作成
Two scope decisions left over from #6: the OldSpikeImporters lineage, and who builds the Python NewStim オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

VH-Lab/vhlab-library-python#9 · 2026年9月2日に作成
Add CI, and the MATLAB half of the symmetry tests against vhlab-library-python オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

VH-Lab/vhlab-library-matlab#8 · 2026年9月2日に作成
Add CI, and symmetry tests that check the port against vhlab-library-matlab オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

VH-Lab/vhlab-library-python#7 · 2026年9月2日に作成
Add reader-level symmetry coverage for SpikeGadgets オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

VH-Lab/NDR-matlab#123 · 2026年8月28日に作成
ExtracellularInfoTest/testReturnsImportedNeurons fails (verification) in the No-Cloud test suite オープン

VH-Lab/NDI-matlab#878 · 担当者 1 名 · 2026年8月18日に作成
Add a deterministic close()/delete() to the SQLite database object (root-cause for #870) オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

VH-Lab/NDI-matlab#873 · コメント 1 件 · 2026年8月13日に作成
[Note / no action required] What it would take to move away from MATLAB datenums for timebases/timestamps オープン

documentation wontfix

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 15/100

VH-Lab/DID-matlab#147 · 2026年6月14日に作成
Add imageseries acquisition/ingest/read machinery to NDI 1 (image daq.system + daq.reader + element/probe) オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

VH-Lab/NDI-matlab#823 · 2026年6月10日に作成
Batched multi-neuron spike-time reads for a single epoch (avoid per-element readtimeseries) オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

VH-Lab/NDI-pyraview-matlab#11 · 2026年6月5日に作成
Batched multi-neuron spike-time reads for a single epoch (avoid per-element readtimeseries オープン

VH-Lab/NDI-matlab#822 · 担当者 1 名 · 2026年6月5日に作成
Add an optional array of external programs to the `app` document (provenance for external import pipelines) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 52/100

VH-Lab/NDI-matlab#820 · 2026年6月5日に作成
[did2 #16] Pre-release checklist: V_delta → V2 rename, test audit, real-work exploration オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 32/100

VH-Lab/NDI-matlab#804 · 2026年5月25日に作成
[ndi-cloud-node] e2e tests for the dataset write-lock API (follow-up to #784) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

VH-Lab/NDI-matlab#794 · 2026年5月19日に作成
[did2 #774c] Deprecate src/ndi/ndi_common/schema_documents/ in favor of the DID-schema loader オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

VH-Lab/NDI-matlab#789 · 2026年5月19日に作成
[did2 #15] Release notes, deprecation timeline, version bump オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

VH-Lab/NDI-matlab#788 · 2026年5月19日に作成
[did2 #14] Migration guide (user-facing docs) オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 64/100

VH-Lab/NDI-matlab#787 · 2026年5月19日に作成
[did2 #13] Cross-version cloud test: old NDI + new NDI on the same dataset オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

VH-Lab/NDI-matlab#786 · 2026年5月19日に作成
[did2 #12] Corpus end-to-end tests for the migration path オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

VH-Lab/NDI-matlab#785 · 2026年5月19日に作成
[did2 #11] [ndi-cloud-node] Dataset writeLock: exclusive write lease + 423 rejection オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 48/100

VH-Lab/NDI-matlab#784 · 2026年5月19日に作成
[did2 #9] ndi.migrate.local: migrate a local dataset/session to V_delta オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

VH-Lab/NDI-matlab#782 · 2026年5月19日に作成
metadata editor - open minds has changed dataset fields, author no longer there, instead contribution, and contributorAffiliation オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

VH-Lab/NDI-matlab#768 · 2026年5月4日に作成
check openMinds 5.0 -- some instance names have changed (the leading url) オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 20/100

VH-Lab/NDI-matlab#767 · 2026年5月4日に作成
Update calc docs so it finds document superclasses correctly オープン

VH-Lab/NDI-matlab#722 · 担当者 1 名 · 2026年3月24日に作成
ndi.cloud.internal.getCloudDatasetIdForLocalDataset should be easier to find オープン

VH-Lab/NDI-matlab#633 · 担当者 1 名 · 2026年1月21日に作成
add a delete session and delete dataset method オープン

VH-Lab/NDI-matlab#630 · 担当者 1 名 · 2026年1月21日に作成
epochProbeMapMaker - needs to have epoch Group number instead of rowname オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

VH-Lab/NDI-matlab#437 · 2025年8月29日に作成
ndi.ontology.clearCache not clearing oboDataCache オープン

VH-Lab/NDI-matlab#425 · 担当者 1 名 · 2025年7月28日に作成
Many methods of abstract `did.database` implements specific SQL behavior オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

VH-Lab/DID-matlab#108 · 2025年7月4日に作成

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