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RosettaCommons

索引済みのリポジトリ 10 件 · GitHub で見る

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Code for running RFdiffusion

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Central repository for biomolecular foundation models with shared trainers and pipeline components

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Jupyter Notebooks for learning the PyRosetta platform for biomolecular structure prediction and design

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The Rosetta Bio-macromolecule modeling package. Available through license with the University of Washington.

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A generalized computational framework for biomolecular modeling.

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Inference code for RFdiffusion2

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A diffusion-based ML model for de novo design of DNA, RNA, proteins, and mixed assemblies.

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Tools for parsing Rosetta source code and scripts for running specific Rosetta applications.

Python · スター 9 個

初心者向けすべて

オープンすべて

RF3 training cutoff uses PDB deposition date — implications for temporal benchmark leakage オープン

RosettaCommons/foundry#381 · 担当者 2 名 · 2026年9月18日に作成
[Bug] RF3 validation step in end-to-end notebook uses undesigned RFD3 backbone instead of MPNN-designed structure, causing abnormally high RMSD オープン

bug

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 78/100

RosettaCommons/foundry#380 · 2026年9月10日に作成
Dependency on biotite 1.4.0 requires pdbx_PDB_ins_code in atom_site type cifs オープン

RosettaCommons/atomworks#99 · 担当者 1 名 · 2026年8月19日に作成
[BUG] Hydrogen Bond Metrics Not Getting Calculated オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 76/100

RosettaCommons/foundry#374 · 2026年8月14日に作成
[BUG] RFdiffusion3 not respecting positions of fixed atoms in unindexed residues オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

RosettaCommons/foundry#372 · コメント 1 件 · 2026年8月12日に作成
Stale .ccd_codes_cache: components added under an existing letter dir are silently invisible オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 64/100

RosettaCommons/atomworks#97 · 2026年8月11日に作成
sheet_fraction and helix_fraction オープン

question

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/foundry#370 · コメント 2 件 · 2026年7月30日に作成
[QUEST] Inpainting residues with RFD3 only gives glycines オープン

question

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/foundry#366 · コメント 4 件 · 2026年7月22日に作成
atomworks should ignore obsoleted CCD codes オープン

RosettaCommons/atomworks#94 · 担当者 1 名 · 2026年7月20日に作成
[BUG] RFD3 might have problems in reading PDB format file with HETATM inside. オープン

bug RFdiffusion3

RosettaCommons/foundry#365 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年7月16日に作成
Repeated RosettaDock crashes オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/rosetta#739 · コメント 1 件 · 2026年7月16日に作成
[Bug]`int()` parsing failure when component contains `P` suffix during RFD3 input parsing オープン

bug

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 74/100

RosettaCommons/foundry#362 · 2026年7月8日に作成
Problem with lowres docking script hanging after a couple of decoys オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/PyRosetta.notebooks#116 · コメント 1 件 · 2026年7月2日に作成
[QUEST]multiple GPUs オープン

question

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

RosettaCommons/foundry#336 · コメント 6 件 · 2026年6月30日に作成
[BUG] Denoised and noisy trajectories are accidentally swapped during reshaping in inference engine オープン

RosettaCommons/foundry#335 · 担当者 1 名 · 2026年6月29日に作成
FastRelax on RoseTTaFold3 protein-ligand complexes オープン

RosettaCommons/rosetta#721 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2026年6月24日に作成
[BUG] RFD3 unindexed motif loss uses an atom-level mask as a token-level mask オープン

bug

RosettaCommons/foundry#330 · 担当者 2 名 · 2026年6月22日に作成
sugar chains オープン

question

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

RosettaCommons/foundry#328 · コメント 2 件 · 2026年6月21日に作成
Designing a symmetric binder オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#456 · コメント 3 件 · 2026年6月8日に作成
[QUEST] オープン

question

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/foundry#291 · コメント 3 件 · 2026年6月2日に作成
Strategies for retaining the hydrogen-bond donor/acceptor architecture defined in the RFD3 active-site model during LigandMPNN sequence optimization オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

RosettaCommons/foundry#289 · コメント 1 件 · 2026年6月2日に作成
How to generate cyclic backbone with rfdiffusion2 オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

RosettaCommons/RFdiffusion2#49 · コメント 2 件 · 2026年5月27日に作成
Two-sided partial diffusion with sequence gaps? オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

RosettaCommons/RFdiffusion#453 · コメント 1 件 · 2026年5月18日に作成
Ambiguous inter-chain attention indices definition オープン

RosettaCommons/foundry#280 · 担当者 1 名 · 2026年5月16日に作成
[BUG] RFD3 symmetry fails for odd dihedral groups D3/D5 オープン

bug

RosettaCommons/foundry#278 · 担当者 1 名 · 2026年5月13日に作成
[BUG] RFD3 is missing training data artifacts オープン

bug

RosettaCommons/foundry#276 · 担当者 1 名 · 2026年5月8日に作成
Diffusion of unindexed fixed residues islands with unindexed unfixed island オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

RosettaCommons/foundry#274 · コメント 3 件 · 2026年5月4日に作成
Missing ligand at zero occupancy オープン

bug

RosettaCommons/foundry#271 · 担当者 1 名 · 2026年4月20日に作成
[BUG] オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

RosettaCommons/foundry#266 · 2026年4月7日に作成
Formal charge correction fails in the presence of bonds to metal ions オープン

RosettaCommons/atomworks#80 · コメント 1 件 · 担当者 2 名 · 2026年4月7日に作成
RF diffusion colab- RMSD オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#449 · 2026年4月3日に作成
Subject: Help with restricting protein binder design to specific RNA loop region オープン

RosettaCommons/RFDpoly#7 · 担当者 1 名 · 2026年4月1日に作成
[QUEST] Glycans as target オープン

question

RosettaCommons/foundry#255 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年3月31日に作成
[BUG] Unphysical sidechain rotamers generated for His, Lys, and more オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

RosettaCommons/foundry#251 · コメント 1 件 · 2026年3月25日に作成
Readme contains CLI commands for a version >v0.1.10 オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 57/100

RosettaCommons/foundry#249 · 2026年3月24日に作成
Partial diffusion returning the input molecule without modifications オープン

question

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/foundry#247 · コメント 2 件 · 2026年3月23日に作成
[QUEST] Fixing one chain for redesign with RFD3 + LigandMPNN オープン

question

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

RosettaCommons/foundry#246 · 2026年3月23日に作成
5070Ti cuda error オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#444 · コメント 6 件 · 2026年3月17日に作成
Metadata generation オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/atomworks#79 · 2026年3月15日に作成
[BUG] Residue and/or chain IDs not matching when using select_fixed_atoms constraint オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/foundry#241 · 2026年3月12日に作成
[BUG] Runtime TRITON error with RF3 on Collab T4 GPU オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

RosettaCommons/foundry#240 · コメント 1 件 · 2026年3月12日に作成
Do I need to setup CCD and PDB PATH mirrors, if I just want to prepare .cdf and .sdf files from .pdb for use in RF3? オープン

question

RosettaCommons/atomworks#78 · コメント 5 件 · 担当者 1 名 · 2026年3月9日に作成
Pure CPU computation? オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/foundry#237 · 2026年3月9日に作成
Lost string annotations because of array monkey patch オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 58/100

RosettaCommons/atomworks#77 · コメント 1 件 · 2026年3月6日に作成
Deformation of coordinate space オープン

question

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#443 · 2026年2月24日に作成
Running RFD3 - network_input (X_noisy_L) for example_id ? オープン

question RFdiffusion3

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

RosettaCommons/foundry#225 · コメント 5 件 · 2026年2月23日に作成
Job crash (Segmentation fault) during run オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#442 · 2026年2月20日に作成
Question: Variable usage in RF3 Validation block (mpnn_outputs vs atom_array)? オープン

question

RosettaCommons/foundry#224 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年2月19日に作成
Virtual atoms remain superimposed on C-alpha オープン

bug RFdiffusion3

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

RosettaCommons/foundry#217 · コメント 1 件 · 2026年2月17日に作成
RF3 error ConvertTritonGPUToLLVM オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

RosettaCommons/foundry#214 · コメント 5 件 · 2026年2月16日に作成

RosettaCommons

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