seqan/seqan3

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The modern C++ library for sequence analysis. Contains version 3 of the library and API docs.

Stelle: 463
Fork: 90
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 31
Merge medio: 1h 11m
PR unite (30g): 3

Lingua principale: C++
Licenza: Nessun dato sulla licenza
Ultimo push su GitHub: 19/9/2026
Ultima indicizzazione: 20/9/2026
Guida per i contributori: Guida per i contributori
Codice di condotta: Codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

31 issue aperte indicizzate

type_name_as_string_test fails Aperta

bug

seqan/seqan3#3416 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 14/4/2026
Rare memory management failures in FM-index in multi-threadding context Aperta

bug

seqan/seqan3#3389 · 5 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 7/11/2025
Running sequence alignment with alphabets with more than 256 characters Aperta

question

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

seqan/seqan3#3341 · 3 commenti · Aperta il 19/2/2025
Problem with installation on mac os x Aperta

question

seqan/seqan3#3286 · 5 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 6/9/2024
Improve SAM tag handling Aperta

feature/proposal

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

seqan/seqan3#3283 · Aperta il 12/8/2024
Score prealigned sequences Aperta

question

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

seqan/seqan3#3282 · Aperta il 9/8/2024
Multi-threading, banding, other speed-ups Aperta

question

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

seqan/seqan3#3255 · 3 commenti · Aperta il 19/5/2024
appending records to a .bam Aperta

question

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

seqan/seqan3#3250 · 1 commento · Aperta il 5/3/2024
single-thread mode Aperta

feature/proposal question

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

seqan/seqan3#3239 · 4 commenti · Aperta il 23/2/2024
creating SAM file headers Aperta

documentation feature/proposal

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 48/100

seqan/seqan3#3235 · 1 commento · Aperta il 16/2/2024
Convert vertor<dna5> to std:string Aperta

question

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

seqan/seqan3#3218 · 1 commento · Aperta il 17/12/2023
output_sequence1_id and output_sequence2_id are same Aperta

bug

seqan/seqan3#3205 · 4 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 8/11/2023
alignment slice positions Aperta

question

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

seqan/seqan3#3203 · 1 commento · Aperta il 1/11/2023
several same-score pairwise alignments Aperta

question

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

seqan/seqan3#3198 · 6 commenti · Aperta il 11/10/2023
Tests fail to compile Aperta

bug response needed

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

seqan/seqan3#3191 · 2 commenti · Aperta il 10/9/2023
Use OS/system packaged sdsl library Aperta

question

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

seqan/seqan3#3162 · 10 commenti · Aperta il 2/7/2023
[Alignment] Is there a way to run align_pairwise without traceback? Aperta

question

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

seqan/seqan3#3045 · 3 commenti · Aperta il 12/8/2022
[IO] BAM index support Aperta

feature/proposal

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

seqan/seqan3#2985 · 6 commenti · Aperta il 21/5/2022
[IO] VCF/BCF support Aperta

question

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

seqan/seqan3#2953 · 2 commenti · Aperta il 26/3/2022
[Alphabet] seqan3::concatenated_sequences benchmark Aperta

ready to tackle

seqan/seqan3#2951 · 7 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 21/3/2022
[Search] Query the text size Aperta

feature/proposal

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

seqan/seqan3#2934 · 1 commento · Aperta il 26/1/2022
[IO] Access list of file extensions of seqan3 I/O input classes Aperta

feature/proposal

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

seqan/seqan3#2927 · 1 commento · Aperta il 10/1/2022
[Search] XOR Filters Aperta

feature/proposal

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

seqan/seqan3#2925 · 11 commenti · Aperta il 7/1/2022
[IO] Parsing for genome alignment formats (MAF and HAL) Aperta

feature/proposal

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

seqan/seqan3#2903 · 6 commenti · Aperta il 25/11/2021
[Search] Shapes are the wrong way around Aperta

question

seqan/seqan3#2832 · 8 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 24/9/2021
[Alphabet] Alphabet types can no longer be constructed using their rank Aperta

documentation ready to tackle

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

seqan/seqan3#2745 · 12 commenti · 1 reazione · Aperta il 9/6/2021
[IO] Is there a neat way to pass only selected fields to SAM output? Aperta

documentation question ready to tackle

seqan/seqan3#2436 · 4 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 9/3/2021
[Infra] Python bindings Aperta

feature/proposal

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

seqan/seqan3#2232 · 1 commento · 2 reazioni · Aperta il 2/11/2020
[Alignment] Multiple Sequence Alignment (MSA) and Alignment Graph Aperta

feature/proposal

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

seqan/seqan3#1763 · 10 commenti · Aperta il 24/4/2020
[Infra] Use SIMD Everywhere Aperta

feature/proposal

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

seqan/seqan3#1391 · 3 commenti · Aperta il 29/11/2019
[Alignment] Meta-issue Aperta

seqan/seqan3#314 · 7 commenti · 2 assegnatari · Aperta il 1/8/2018

seqan/seqan3

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