Proprietario
OpenFreeEnergy
22 repository indicizzati · Vedi su GitHub
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openfe
The Open Free Energy toolkit
Python · 332 stelle
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ExampleNotebooks
Notebooks demonstrating how to do simple tasks related to free energy calculations.
Jupyter Notebook · 70 stelle
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IndustryBenchmarks2024
Repository for the 2024 OpenFE industry benchmark efforts
Jupyter Notebook · 48 stelle
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Lomap
Alchemical mutation scoring map
Python · 45 stelle
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gufe
core data models of the Open Free Energy ecosystem
Python · 45 stelle
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cinnabar
Package for consistent reporting of relative free energy results
Python · 43 stelle
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kartograf
This package contains tools for setting up hybrid-topology FE calculations
Python · 39 stelle
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alchemiscale
a high-throughput alchemical free energy execution system for use with HPC, cloud, bare metal, and Folding@Home
Python · 36 stelle
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konnektor
Algorithms for various Network Layouts and Tooling for planning FE Calculations
Jupyter Notebook · 24 stelle
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feflow
Recipes and protocols for molecular free energy calculations using the openmmtools/perses and Open Free Energy toolkits
Python · 20 stelle
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openfe_analysis
Structural analysis tools for OpenFE free energy calculations, built on MDAnalysis.
Python · 20 stelle
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Python · 13 stelle
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openfe-failure-cases
A collection of reproducible openfe protocol failure cases resulting in NaN results.
Python · 5 stelle
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pontibus
Experimental OpenFE Protocols for Force Field Evaluation
Python · 5 stelle
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openfe-gromacs
Gromacs-based protocols for Open Free Energy
Python · 4 stelle
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alchemiscale-fah
protocols and compute service for using alchemiscale with Folding@Home
Python · 3 stelle
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HTML · 2 stelle
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exorcist
Daemonless campaign-scale simulation orchestration
Python · 2 stelle
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Python · 1 stella
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ofe-sphinx-theme
Sphinx theme for Open Free Energy software based on the PyData theme.
SCSS · 1 stella
- 2 altri repository si trovano su Vedi su GitHub
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Difficoltà 2/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 88/100
OpenFreeEnergy/openfe#2199 · 1 commento ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2198 ·
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OpenFreeEnergy/konnektor#276 · 1 reazione · 2 assegnatari ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100
OpenFreeEnergy/openfe#2196 ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/gufe#836 ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100
OpenFreeEnergy/openfe#2195 ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2194 ·
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Test on openmm-8.6 Aperta
OpenFreeEnergy/openfe#2193 · 1 assegnatario ·
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/openfe#2192 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
OpenFreeEnergy/openfe#2191 ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
OpenFreeEnergy/openfe#2190 ·
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Retrieve MBAR errors, MBAR overlapping matrix and forward-backward analysis values after RBFE runs Aperta
OpenFreeEnergy/openfe#2187 · 1 commento · 1 assegnatario ·
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
OpenFreeEnergy/gufe#835 · 1 commento ·
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OpenFreeEnergy/cinnabar#238 · 1 assegnatario ·
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OpenFreeEnergy/konnektor#272 · 1 assegnatario ·
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Provenance for Concatenators Aperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/konnektor#271 ·
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Issues with how net charge varies with lambda: non-zero partial charges outside of end states. Aperta
OpenFreeEnergy/openfe#2181 · 1 assegnatario ·
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OpenFreeEnergy/cinnabar#237 · 1 assegnatario ·
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OpenFreeEnergy/kartograf#166 · 3 assegnatari ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100
OpenFreeEnergy/openfe#2179 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
OpenFreeEnergy/pontibus#210 ·
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OpenFreeEnergy/gufe#833 · 1 assegnatario ·
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RTD build is failing Aperta
OpenFreeEnergy/pontibus#207 · 1 commento · 1 assegnatario ·
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OpenFreeEnergy/pontibus#205 · 1 assegnatario ·
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Validation ideas Aperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/openfe-failure-cases#8 · 1 commento · 1 reazione ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
OpenFreeEnergy/cinnabar#235 ·
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 50/100
OpenFreeEnergy/gufe#828 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
OpenFreeEnergy/openfe#2165 ·
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OpenFreeEnergy/openfe#2164 · 1 assegnatario ·
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improve Warehouse validation Aperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
OpenFreeEnergy/openfe#2162 ·
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OpenFreeEnergy/openfe#2161 · 1 assegnatario ·
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OpenFreeEnergy/openfe#2160 · 1 assegnatario ·
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OpenFreeEnergy/konnektor#266 · 1 reazione · 1 assegnatario ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100
OpenFreeEnergy/openfe#2159 ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100
OpenFreeEnergy/konnektor#265 ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/exorcist#51 ·
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
OpenFreeEnergy/exorcist#50 ·
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100
OpenFreeEnergy/exorcist#49 ·
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OpenFreeEnergy/openfe#2130 · 9 commenti · 1 assegnatario ·
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OpenFreeEnergy/openfe#2119 · 1 assegnatario ·
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OpenFreeEnergy/openfe#2117 · 1 assegnatario ·
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OpenFreeEnergy/openfe#2115 · 2 assegnatari ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100
OpenFreeEnergy/openfe#2107 ·
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100
OpenFreeEnergy/openfe#2106 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
OpenFreeEnergy/openfe#2105 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
OpenFreeEnergy/openfe#2104 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
OpenFreeEnergy/openfe#2103 ·
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Extensions: CLI updates Aperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
OpenFreeEnergy/openfe#2102 ·
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100
OpenFreeEnergy/openfe#2101 ·
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Extensions: Protocol updates Aperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
OpenFreeEnergy/openfe#2100 ·
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