gh stack sync --prune for a completed stack deletes the branch but leaves stack in gh stack checkout metadata

gh stack sync --prune for a completed stack deletes the branch but leaves stack in gh stack checkout metadata.

Repro steps:
1. Create a stack with 1 branch.
2. Submit PR
3. Complete PR
4. Run gh stack sync --prune
5. Branch is synced and deleted
6. Run `gh stack checkout`
7. Observe

Expected: Stack should be deleted
Actual: Stack is not deleted, and cannot be selected because the branch no longer exists.
Workaround: Create a branch with the same name as one that doesn't exist. Run `gh stack untrack`, delete branch.

Reproduziere das Problem mit einem Stack mit einem Branch, indem du nach Abschluss seines PRs `gh stack sync --prune` ausführst und anschließend `gh stack checkout` ausführst. Verfolge den Sync-Prune-Pfad und die Verarbeitung der Checkout-Metadaten; als erledigt gilt die Aufgabe, wenn der abgeschlossene Stack aus den Metadaten entfernt und nicht mehr als ungültiger auswählbarer Stack angezeigt wird.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.