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seqan

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seqan
SeqAn's official repository.

C++ · 502 estrellas
seqan3
The modern C++ library for sequence analysis. Contains version 3 of the library and API docs.

C++ · 463 estrellas
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A fast and space-efficient pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences.

C++ · 55 estrellas
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A fast and space-efficient pre-filter for estimating the quantification of very large collections of nucleotide sequences

C++ · 16 estrellas
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The modern argument parser for c++ tools

C++ · 11 estrellas
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A tool for partitioning a set of sequences into similar batches.

C++ · 10 estrellas
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This template comes pre-configured with various SeqAn libraries and a basic Continuous Integration setup. It is designed to provide a rob...

CMake · 6 estrellas
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HIBF and IBF

C++ · 5 estrellas
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Fast and exact local alignments

C++ · 4 estrellas
hibf_benchmarks
WIP HIBF benchmarks

Python · 0 estrellas
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SCSS · 0 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Semi-global alignment with local-style termination (max over all cells) — achievable ? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

seqan/seqan#2590 · 3 comentarios · Abierto el 29/5/2026
type_name_as_string_test fails Abierto

bug

seqan/seqan3#3416 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 14/4/2026
Build stops if no k-mers in minimiser file Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

seqan/raptor#546 · Abierto el 24/2/2026
Support --kmer-count-cutoff on build/update Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

seqan/raptor#545 · Abierto el 24/2/2026
Support minimiser file on update insert Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

seqan/raptor#544 · 2 comentarios · Abierto el 24/2/2026
Follow-up: Auto-Synopsis on macOS Abierto

bug

seqan/sharg-parser#303 · 1 asignado · Abierto el 24/1/2026
AVX512 follow-ups Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/hibf#307 · Abierto el 25/11/2025
Rare memory management failures in FM-index in multi-threadding context Abierto

bug

seqan/seqan3#3389 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 7/11/2025
Add CMake Presets Abierto

seqan/app-template#139 · 1 asignado · Abierto el 4/9/2025
Razers3 gives empty results.razers file even when testing with simple items? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan#2562 · 1 comentario · Abierto el 3/7/2025
Running sequence alignment with alphabets with more than 256 characters Abierto

question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3341 · 3 comentarios · Abierto el 19/2/2025
Exception in banded refine alignment Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

seqan/seqan#2540 · 4 comentarios · Abierto el 7/12/2024
Mason simulator - generate error free illumina reads Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan#2534 · 1 comentario · Abierto el 31/10/2024
Mason Simulator Segmentation fault Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan#2533 · Abierto el 24/10/2024
Distributed search Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

seqan/dream-stellar#118 · Abierto el 3/10/2024
data_store follow-ups Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/hibf#227 · Abierto el 10/9/2024
Problem with installation on mac os x Abierto

question

seqan/seqan3#3286 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 6/9/2024
Landing Page Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/hibf_benchmarks#37 · Abierto el 13/8/2024
Improve SAM tag handling Abierto

feature/proposal

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3283 · Abierto el 12/8/2024
Score prealigned sequences Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3282 · Abierto el 9/8/2024
Issue with Generating Layout File in Chopper and Inputting into Raptor Build Index Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

seqan/raptor#420 · 1 comentario · Abierto el 28/6/2024
Multi-threading, banding, other speed-ups Abierto

question

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3255 · 3 comentarios · Abierto el 19/5/2024
appending records to a .bam Abierto

question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

seqan/seqan3#3250 · 1 comentario · Abierto el 5/3/2024
single-thread mode Abierto

feature/proposal question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

seqan/seqan3#3239 · 4 comentarios · Abierto el 23/2/2024
creating SAM file headers Abierto

documentation feature/proposal

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

seqan/seqan3#3235 · 1 comentario · Abierto el 16/2/2024
[MISC] Layout object structure of user bins. Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/hibf#191 · Abierto el 18/1/2024
Convert vertor<dna5> to std:string Abierto

question

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

seqan/seqan3#3218 · 1 comentario · Abierto el 17/12/2023
Revise directory structure Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/hibf#177 · Abierto el 1/12/2023
Do not write empty Stellar files Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/dream-stellar#102 · Abierto el 22/11/2023
output_sequence1_id and output_sequence2_id are same Abierto

bug

seqan/seqan3#3205 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 8/11/2023
alignment slice positions Abierto

question

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3203 · 1 comentario · Abierto el 1/11/2023
several same-score pairwise alignments Abierto

question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

seqan/seqan3#3198 · 6 comentarios · Abierto el 11/10/2023
Reallow setting hash and fpr Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/raptor#382 · Abierto el 15/9/2023
Investigative Todos Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

seqan/hibf#89 · 1 reacción · Abierto el 11/9/2023
Tests fail to compile Abierto

bug response needed

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3191 · 2 comentarios · Abierto el 10/9/2023
HIBF creates a very large index Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/raptor#370 · 3 comentarios · Abierto el 1/9/2023
String identifier for user bins Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

seqan/raptor#356 · 1 comentario · Abierto el 3/8/2023
[MISC] Display layout Abierto

seqan/chopper#191 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 28/7/2023
Todos Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

seqan/hibf#38 · 1 comentario · Abierto el 6/7/2023
Use OS/system packaged sdsl library Abierto

question

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

seqan/seqan3#3162 · 10 comentarios · Abierto el 2/7/2023
To-do: Changes that affect serialization Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

seqan/raptor#314 · Abierto el 9/5/2023
Add examples for --input / --output parameters Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

seqan/raptor#270 · Abierto el 28/2/2023
Update documentation Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/raptor#245 · Abierto el 3/2/2023
Backlog Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/raptor#236 · Abierto el 1/2/2023
[suggestion] Check that `.parse()` is called. Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

seqan/sharg-parser#168 · 7 comentarios · Abierto el 3/1/2023
Add parameter `--skip-similarity-preprocessing`. Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

seqan/chopper#122 · 1 comentario · Abierto el 13/12/2022
Add a mechanism to allow integer to specify orders of magnitude suffixes like k, m, g, t? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/sharg-parser#165 · 1 comentario · Abierto el 17/11/2022
Too strict validators Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

seqan/sharg-parser#161 · 3 comentarios · Abierto el 9/11/2022
"needle" name conflict Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

seqan/needle#128 · Abierto el 2/11/2022
help text: std types should be renamed Abierto

seqan/sharg-parser#153 · 3 comentarios · 1 asignado · Abierto el 20/10/2022

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