Bioconductor/VariantAnnotation

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Annotation of Genetic Variants

Estrellas: 32
Forks: 21
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 33

Lenguaje dominante: R
Licencia: Sin datos de licencia
Último push a GitHub: 27/7/2026
Última indexación: 20/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Para principiantes Todo

Abierto Todos

33 issues abiertos indexados

refactor the package Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#115 · 4 comentarios · Abierto el 7/7/2026
what is the "covr" condition of this package? Abierto

Bioconductor/VariantAnnotation#114 · 1 reacción · 2 asignados · Abierto el 7/7/2026
produce false positive and false negative PRs Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#113 · 2 comentarios · Abierto el 7/7/2026
possible problem parsing INFO description field Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#89 · Abierto el 22/5/2025
ensemblVEP::parseCSQToGRanges Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

Bioconductor/VariantAnnotation#88 · 2 comentarios · Abierto el 7/3/2025
locateVariants failing on intronic variants Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

Bioconductor/VariantAnnotation#87 · 1 comentario · Abierto el 9/8/2024
`expand()` and non-standard rowRanges columns Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#85 · 1 comentario · Abierto el 19/7/2024
nonsense mutations from DBS across two codons misclassified as nonsynonymous? Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 55/100

Bioconductor/VariantAnnotation#84 · Abierto el 11/7/2024
Incorrect annotation of exon/intron boundary deletion Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#83 · Abierto el 3/7/2024
readVcf does not recognize my vcf file? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#82 · 6 comentarios · Abierto el 15/5/2024
locateVariants() and predictCoding() silently drop large INDELs Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#81 · 5 comentarios · Abierto el 25/4/2024
`readVcf` doesn't handle quoted `=` in `hapmap_exome_chr22.vcf.gz` correctly Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 62/100

Bioconductor/VariantAnnotation#80 · 10 comentarios · Abierto el 2/1/2024
Convert `Number=A` to `Number=1` when creating an `ExpandedVCF` Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

Bioconductor/VariantAnnotation#79 · 5 comentarios · Abierto el 2/1/2024
Faithfully recapitulate metadata via a round-trip through `writeVcf` + `readVcf`. Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

Bioconductor/VariantAnnotation#78 · 5 comentarios · Abierto el 2/1/2024
readVcf(), VariantAnnotation and shiny compatibility Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#77 · 1 comentario · Abierto el 8/12/2023
expand Error data is NULL Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#72 · Abierto el 13/8/2023
readVcf is Slow if ScanVcfParam which Regions is Lengthy Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 43/100

Bioconductor/VariantAnnotation#70 · 4 comentarios · Abierto el 27/3/2023
writeVcf Output Causes IGV Errors from htsjdk Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

Bioconductor/VariantAnnotation#65 · 5 comentarios · Abierto el 12/9/2022
Populate INFO column with VariantAnnotation::writeVcf Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#61 · 4 comentarios · Abierto el 31/5/2022
locateVariants returns genes from both Forward and Reverse strands in PRECEDEID and FOLLOWID Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#55 · 3 comentarios · Abierto el 23/2/2022
readVcfStack(param=ScanVcfParam()) doesn't work if "which=" is not specified. Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 57/100

Bioconductor/VariantAnnotation#50 · 1 comentario · Abierto el 6/10/2021
Can geno() obtain the reference depth and alternate allele separately? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

Bioconductor/VariantAnnotation#48 · 1 comentario · Abierto el 17/9/2021
predictcoding - multiple mutations at a codon are never evaluated additively Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#46 · 1 comentario · Abierto el 8/3/2021
REFCODON not consistent with REF Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#43 · 1 comentario · Abierto el 3/11/2020
Proposal: String representation/RleMatrix Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#38 · 6 comentarios · Abierto el 28/2/2020
API to change output suffix to .gz Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

Bioconductor/VariantAnnotation#35 · 7 comentarios · 3 reacciones · Abierto el 31/10/2019
ScanVcfParam which Parameter Description Inconsistency Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 38/100

Bioconductor/VariantAnnotation#34 · 2 comentarios · Abierto el 22/10/2019
Import Error for bcftools Compressed Files Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#32 · 1 comentario · 7 reacciones · Abierto el 5/8/2019
Ambiguous Description of Ellipsis for readVcf Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 40/100

Bioconductor/VariantAnnotation#31 · Abierto el 1/8/2019
Can I read in a VCF "file" as a character string? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Bioconductor/VariantAnnotation#28 · 1 comentario · Abierto el 15/4/2019
Create protein sequences including variants from a VCF file Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#24 · 3 comentarios · Abierto el 8/3/2019
Filtering VCF by ranges Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#5 · Abierto el 14/2/2018
merging VCF objects Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

Bioconductor/VariantAnnotation#3 · 9 comentarios · 2 reacciones · Abierto el 23/1/2018

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