cytomining/CytoDataFrame

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An in-memory data analysis format for single-cell profiles alongside their corresponding images and segmentation masks.

Stelle: 13
Fork: 2
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 33
Merge medio: 1g 16h
PR unite (30g): 3

Lingua principale: Python
Licenza: BSD-3-Clause
Ultimo push su GitHub: 3/9/2026
Ultima indicizzazione: 15/9/2026
Guida per i contributori: Guida per i contributori
Codice di condotta: Codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata

Aperta Tutte

33 issue aperte indicizzate

Enable compatibility with multiple dataframe types Aperta

enhancement

cytomining/CytoDataFrame#88 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Provide customization options for bounding boxes with `CytoDataFrame` image display Aperta

enhancement

cytomining/CytoDataFrame#27 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Update docsite to use sphinx-multiversion (post initial release) Aperta

documentation enhancement

cytomining/CytoDataFrame#3 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add Python 3.13 compatibility Aperta

enhancement

cytomining/CytoDataFrame#20 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
NF1 dataset: image issues Aperta

bug

cytomining/CytoDataFrame#31 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Speckles images issues within example notebook Aperta

bug

cytomining/CytoDataFrame#32 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add capability to read images from valid S3 paths Aperta

enhancement

cytomining/CytoDataFrame#34 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Enable CytoTable format specific capabilities Aperta

enhancement

cytomining/CytoDataFrame#40 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Update `mask` parameter to prefer outline images instead Aperta

cytomining/CytoDataFrame#48 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Optionally display multiple outline overlays Aperta

enhancement

cytomining/CytoDataFrame#60 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Override CytoDataFrame parameters when provided and data source is another CytoDataFrame Aperta

bug

cytomining/CytoDataFrame#62 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Address bounding box display issues from example notebook Aperta

bug

cytomining/CytoDataFrame#92 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add 3D / z-slice scroll bar for image display selection Aperta

cytomining/CytoDataFrame#96 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add images from various angles as distinct columns for 3D datasets Aperta

cytomining/CytoDataFrame#97 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Consider new label for "image adjustment" label Aperta

cytomining/CytoDataFrame#106 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Address ignored linting rules to help improve code quality Aperta

enhancement

cytomining/CytoDataFrame#118 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Fix text-based output of CytoDataFrame Aperta

cytomining/CytoDataFrame#121 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add ability to export record feature data with image arrays Aperta

cytomining/CytoDataFrame#133 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add image scale display option labels (indicating measurement within images) Aperta

cytomining/CytoDataFrame#138 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Confirm CDF works with Marimo notebooks Aperta

cytomining/CytoDataFrame#154 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Handle multi-channel images Aperta

cytomining/CytoDataFrame#155 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Enable boundingbox cols to have "metadata" in the field name Aperta

cytomining/CytoDataFrame#158 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Tie all bounding boxes to relevant images Aperta

cytomining/CytoDataFrame#163 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add vortex file input / output capabilities Aperta

cytomining/CytoDataFrame#176 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Enable the use of arbitrary filepaths or arrays for use in image rendering with CDF instantiation Aperta

cytomining/CytoDataFrame#184 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Adjust cytodataframe styling for use with Google Colab Aperta

cytomining/CytoDataFrame#193 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Ensure image adjustments work for OME-Arrow derived visualizations Aperta

cytomining/CytoDataFrame#194 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Provide DataFrame row filtering based on column min and max thresholds Aperta

cytomining/CytoDataFrame#196 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Provide graceful message when no data can be displayed Aperta

cytomining/CytoDataFrame#197 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Filter columns plots are hard to see with small values like z-scores Aperta

cytomining/CytoDataFrame#205 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Enable and/or document explicit CytoTable iceberg compatibility Aperta

cytomining/CytoDataFrame#207 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Fix broken pypi deploy Aperta

cytomining/CytoDataFrame#211 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add column categorization enhancements Aperta

cytomining/CytoDataFrame#230 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026

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