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biopython
Official git repository for Biopython (originally converted from CVS)

Python · 5193 个 star
biopython.github.io
Source of biopython.org website, migrated from MediaWiki

CSS · 167 个 star
biopython_docker
Dockerfiles to build Biopython instances

Shell · 28 个 star

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No way to set max and min of scale in GenomeDiagram? 未关闭

Enhancement

biopython/biopython#205 · 3 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Improve data representation styles in GenomeDiagram? 未关闭

Enhancement

biopython/biopython#208 · 10 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Scale "below" plot in GenomeDiagram? 未关闭

Enhancement

biopython/biopython#209 · 4 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Track labels above graph in GenomeDiagram? 未关闭

Enhancement

biopython/biopython#210 · 11 条评论 · 1 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
BED/WIG/... files in Biopython? 未关闭

Enhancement

biopython/biopython#278 · 6 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
HMMER 3.1 support in SearchIO 未关闭

Enhancement

biopython/biopython#313 · 2 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 1 人 · 索引于 2026年9月14日
Serialisation warning in CDAO with Windows paths 未关闭

biopython/biopython#320 · 3 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Breaking up the code base / modular installation 未关闭

biopython/biopython#349 · 27 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Extend Bio.Blast.NCBIWWW with modular functions for PUT and GET only 未关闭

biopython/biopython#351 · 6 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
one-to-one elink requests with NCBI Entrez 未关闭

biopython/biopython#361 · 9 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Swiss format files do not contain dbxrefs for protein identifiers 未关闭

Enhancement help wanted

biopython/biopython#372 · 2 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Create a mock-isolated, high-speed test suite 未关闭

Testing

biopython/biopython#384 · 4 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Record the new evidence codes in UniProt 未关闭

biopython/biopython#416 · 6 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Add wrapper for EBI's dbfetch 未关闭

biopython/biopython#443 · 16 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Stricter checks on atom occupancy when parsing PDB files 未关闭

biopython/biopython#447 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
hsexpo.py: HSExposureCB selects the opposite half sphere 未关闭

biopython/biopython#490 · 4 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
PCR thermocycler sequence 未关闭

biopython/biopython#498 · 9 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Have a more sustainable way of addressing fastsimcoal version changes 未关闭

biopython/biopython#499 · 2 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 1 人 · 索引于 2026年9月14日
Support for ENSEMBL API and/or ENSEMBL REST API 未关闭

biopython/biopython#512 · 9 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Entrez module could do some sanity checking. 未关闭

biopython/biopython#515 · 13 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Thermocycler program file format 未关闭

biopython/biopython#543 · 2 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
max_o not always defined in Bio.motifs.matrix.dist_pearson 未关闭

biopython/biopython#555 · 4 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
[Phylo] is_monophyletic incorrect result ? 未关闭

biopython/biopython#589 · 2 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
PDB Parser: disordered atoms should be uniform across residue 未关闭

biopython/biopython#597 · 0 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
SearchIO parsing ggsearch36 (from fasta36 suite) output 未关闭

biopython/biopython#599 · 3 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 1 人 · 索引于 2026年9月14日
make_back_table only has naive single codon mapping? 未关闭

biopython/biopython#609 · 2 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
GenePop EasyController constructor 未关闭

biopython/biopython#622 · 0 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 1 人 · 索引于 2026年9月14日
Update Bio.Sequencing.Applications wrapper for samtools 1.x 未关闭

biopython/biopython#625 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
add example for CompoundLocation in tutorial 未关闭

biopython/biopython#648 · 2 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
ClustalIO errors for files generated with ClustalW2 V 2.1 未关闭

biopython/biopython#667 · 6 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
UnicodeDecodeError from Tutorial doctests 未关闭

biopython/biopython#669 · 12 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
PostBIS support? 未关闭

biopython/biopython#719 · 8 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
KEGG REST API conv limitations 未关闭

biopython/biopython#729 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Entrez tutorial, history example not working 未关闭

biopython/biopython#742 · 5 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Phylo: Reassign branch supports properly when rerooting 未关闭

biopython/biopython#745 · 5 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Tutorial problem - align chapter 未关闭

biopython/biopython#748 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Tutorial problems - Blast 未关闭

biopython/biopython#749 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Tutorial problems - uniprot 未关闭

biopython/biopython#751 · 2 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Tutorial problems - PDB 未关闭

biopython/biopython#752 · 2 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
SeqIO.parse: guess format from file extension, if present 未关闭

Enhancement

biopython/biopython#758 · 4 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
[patch] Adding *GF* information from a Stockholm alignment 未关闭

biopython/biopython#768 · 5 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Improvements to motifs.meme 未关闭

biopython/biopython#793 · 2 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Bio.Entrez can't parse NCBI bioproject XML 未关闭

Enhancement

biopython/biopython#805 · 3 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Error in opening Newick-format file 未关闭

biopython/biopython#810 · 9 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Enhancement: PyPanda for gene network analysis 未关闭

biopython/biopython#814 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Implement overlapping search in Seq.py 未关闭

biopython/biopython#866 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
PSI-Blast with Biopython 未关闭

biopython/biopython#875 · 4 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Cache paths in Bio.Phylo trees for later use 未关闭

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biopython/biopython#885 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
The strand of the translated sequence is lost for tfastxy and fastx/y reports 未关闭

From Redmine

biopython/biopython#886 · 9 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日
Handling of bootstrap support values in Bio.Phylo Newick parser 未关闭

From Redmine

biopython/biopython#888 · 10 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月14日

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