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Get phred quality for ab1 traces

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Lingua principale
Python
Stelle
5.2k
Fork
1.9k
Merge medio
2g 5h
PR unite (30g)
11

Descrizione

Hello!
So I'm using python 3.5.5 and biopython 1.73, and I'm trying to get the phred quality scores for each peak in my .ab1 files. Unfortunately the following just returns an array of zeroes, which I know is false (given the scores I'm returned on the [Indigo website](https://gear.embl.de/indigo/)):
```
record = SeqIO.read('peak3_3.SP6.ab1', 'abi')
let_ann = record.letter_annotations['phred_quality']
print(let_ann)
```
What am I doing wrong?
Thanks!!

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Direzione di ricerca

Inizia con la chiamata mostrata a SeqIO.read(..., 'abi') e l’accesso a record.letter_annotations['phred_quality']. Esamina come Biopython 1.73 analizza i record ABI, quindi confronta i valori restituiti con i punteggi Indigo usando l’input riportato. Il lavoro è completato quando viene identificato se il problema è nel record di input, nel comportamento del parsing o nella rappresentazione della qualità prevista.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python
Ambito
bioinformatics
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Da chiarire
Idoneità per principianti
25/100

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