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Get phred quality for ab1 traces
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 5.2k
- Fork
- 1.9k
- Merge medio
- 2g 5h
- PR unite (30g)
- 11
Descrizione
Hello!
So I'm using python 3.5.5 and biopython 1.73, and I'm trying to get the phred quality scores for each peak in my .ab1 files. Unfortunately the following just returns an array of zeroes, which I know is false (given the scores I'm returned on the [Indigo website](https://gear.embl.de/indigo/)):
```
record = SeqIO.read('peak3_3.SP6.ab1', 'abi')
let_ann = record.letter_annotations['phred_quality']
print(let_ann)
```
What am I doing wrong?
Thanks!!
Guida per i contributori
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Direzione di ricerca
Inizia con la chiamata mostrata a SeqIO.read(..., 'abi') e l’accesso a record.letter_annotations['phred_quality']. Esamina come Biopython 1.73 analizza i record ABI, quindi confronta i valori restituiti con i punteggi Indigo usando l’input riportato. Il lavoro è completato quando viene identificato se il problema è nel record di input, nel comportamento del parsing o nella rappresentazione della qualità prevista.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Da chiarire
- Idoneità per principianti
- 25/100