angelolab / angelolab/toffy

QC TMA feature specification

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bug
Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
17
Forks
3
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

*Please refer to our [FAQ](https://ark-analysis.readthedocs.io/en/latest/_rtd/faq.html) and look at our [known issues](https://github.com/angelolab/ark-analysis/issues) before opening a bug report.*

**Describe the bug**
The user specified `qc_metrics` argument in the QC tma notebook doesn't do anything.
Currently if you just set `qc_metrics = ["Non-zero mean intensity"]`, output files are also still generated for the nonzero_mean and 99.9% percentile.

**Expected behavior**
The notebook should only generate stat files for the listed metrics.

**To Reproduce**
Run the notebook set for a single qc metric.

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