angelolab / angelolab/ark-analysis

Updating deepcell_visualization files after filtering for too small/too big cells from the cell table

Đang mở
#1,039 4 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
enhancement
Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
108
Fork
31
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

After running Mesmer/deep cells, we are usually plotting the cell size from the cell_table csv and excluding cells below/above a certain threshold. Is there an option that we could update the deppcell visualization images after this removal so that the cells we have excluded won't be anymore shown as segmented cells in the image? That would be great if you could implement this in your notebook. Thanks

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.