althonos/pyrodigal

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Cython bindings and Python interface to Prodigal, an ORF finder for genomes and metagenomes. Now with SIMD!

星标: 189
派生: 11
开放的新手 issue: 0
已索引 issue: 12

主要语言: Cython
许可证: GPL-3.0
最近 GitHub push: 2026年3月17日
最近索引: 2026年9月13日
贡献指南: 贡献指南
行为准则: 没有行为准则
新手标签: 没有已索引的新手标签
PR 合并指标: 30 天内没有已合并 PR

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Inconsistent start score computed for some genes 未关闭

bug

althonos/pyrodigal#19 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
different result comparing to prodigal 未关闭

question

althonos/pyrodigal#42 · 3 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
selenoproteins? 未关闭

question

althonos/pyrodigal#43 · 2 条评论 · 2 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
add ORGANISM label to GBK output 未关闭

question

althonos/pyrodigal#45 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
Enforce start codon in pyrodigal ORF prediction 未关闭

enhancement

althonos/pyrodigal#64 · 3 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
support detection of RBS across linear chromosome breakpoint ? 未关闭

enhancement

althonos/pyrodigal#65 · 19 条评论 · 2 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
Support for circular sequences 未关闭

enhancement

althonos/pyrodigal#67 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
corresponding ORF not called in different isolates despite identical sequence 未关闭

external

althonos/pyrodigal#68 · 0 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
Incorporating a pyrrolysine-encoding translation table (34) into pyrodigal 未关闭

enhancement

althonos/pyrodigal#74 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
Pyrodigal misses a valid CDS in the input FASTA file 未关闭

external

althonos/pyrodigal#75 · 1 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
Add RBS feature line 未关闭

enhancement

althonos/pyrodigal#78 · 1 条评论 · 1 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日
Genes with internal stop codons predicted from ambiguous bases 未关闭

enhancement

althonos/pyrodigal#80 · 0 条评论 · 0 个 reaction · 已指派 0 人 · 索引于 2026年9月13日

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