error from netCDF in cf.write
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- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 150
- Forks
- 23
- Merge medio
- 1 d 11 h
- PR fusionados (30 d)
- 2
Descripción
I am processing some CMIP6 data on Jasmin (making time-means). I get the following error. I realise that you probably need more background to diagnose it, but perhaps it's obvious from this much information? As a result of the error, the file is not properly written, just the start of it.
Thanks. Jonathan
Traceback (most recent call last):
File "/home/users/jonathan/bin/grouptime", line 97, in <module>
cf.write(n,ofile)
File "/apps/jasmin/jaspy/miniforge_envs/jaspy3.12/mf3-25.3.0-3/envs/jaspy3.12-mf3-25.3.0-3-v20250704/lib/python3.12/site-packages/cfdm/read_write/write.py", line 826, in __new__
netcdf.write(
File "/apps/jasmin/jaspy/miniforge_envs/jaspy3.12/mf3-25.3.0-3/envs/jaspy3.12-mf3-25.3.0-3-v20250704/lib/python3.12/site-packages/cfdm/decorators.py", line 171, in verbose_override_wrapper
return method_with_verbose_kwarg(*args, **kwargs)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/apps/jasmin/jaspy/miniforge_envs/jaspy3.12/mf3-25.3.0-3/envs/jaspy3.12-mf3-25.3.0-3-v20250704/lib/python3.12/site-packages/cfdm/read_write/netcdf/netcdfwrite.py", line 5232, in write
self._file_io_iteration(
File "/apps/jasmin/jaspy/miniforge_envs/jaspy3.12/mf3-25.3.0-3/envs/jaspy3.12-mf3-25.3.0-3-v20250704/lib/python3.12/site-packages/cfdm/read_write/netcdf/netcdfwrite.py", line 5478, in _file_io_iteration
self._write_global_attributes(fields)
File "/apps/jasmin/jaspy/miniforge_envs/jaspy3.12/mf3-25.3.0-3/envs/jaspy3.12-mf3-25.3.0-3-v20250704/lib/python3.12/site-packages/cfdm/read_write/netcdf/netcdfwrite.py", line 4610, in _write_global_attributes
g["netcdf"].setncattr(
File "src/netCDF4/_netCDF4.pyx", line 3087, in netCDF4._netCDF4.Dataset.setncattr
File "src/netCDF4/_netCDF4.pyx", line 1858, in netCDF4._netCDF4._set_att
File "src/netCDF4/_netCDF4.pyx", line 6733, in netCDF4._netCDF4._strencode
UnicodeEncodeError: 'utf-8' codec can't encode characters in position 61-63: surrogates not allowed
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Comience por cfdm/read_write/netcdf/netcdfwrite.py en _write_global_attributes y la llamada a netCDF4 Dataset.setncattr que se muestra en el traceback. Reproduzca cf.write en el entorno de Python indicado e identifique qué atributo global contiene los caracteres sustitutos no válidos. Se considera terminado cuando los datos afectados puedan escribirse sin el UnicodeEncodeError y el comportamiento esté cubierto por una prueba de regresión adecuada.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- python
- Área
- data
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Estado de actividad
- Tranquilo
- Claridad
- Necesita aclaración
- Aptitud para principiantes
- 45/100