MagicStack / MagicStack/asyncpg

cannot stream cursor on very large table

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Lenguaje dominante
Python
Estrellas
8.1k
Forks
468
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Descripción

  • asyncpg version: 0.18.3

  • PostgreSQL version: 9.6.8

  • Do you use a PostgreSQL SaaS? If so, which? Can you reproduce
    the issue with a local PostgreSQL install?
    : AWS Aurora Postgres. Tried connecting to both writer and read replica. Did not try local postgres.

  • Python version: 3.7.3

  • Platform: macOS 10.14.5

  • Do you use pgbouncer?: No

  • Did you install asyncpg with pip?: Yes

  • If you built asyncpg locally, which version of Cython did you use?: N/A

  • Can the issue be reproduced under both asyncio and
    uvloop?
    : Did not try.

I'm running into an issue with using cursors on a very large postgres table. The table has approximately 60 million rows. The table has only 8 columns and each row is very small. I'm trying to use a server side cursor to stream the results in (ordered) but it just completely freezes while establishing the con.cursor. This is my code:

import asyncio
import asyncpg

dsn = 'postgresql://...:...@....us-east-1.rds.amazonaws.com/...'

async def run():
    con = await asyncpg.connect(dsn)
    print(con)
    async with con.transaction():
        async for record in con.cursor('SELECT * FROM pageviews ORDER BY user_id', prefetch=10, timeout=2):
            print(record)
    await con.close()

loop = asyncio.get_event_loop()
loop.run_until_complete(run())

I tried using both the iterable cursor (with explicit prefetch) and the regular cursor and neither worked. The following psycopg2 code using a "named cursor" (server-side cursor) works properly:

import datetime
import psycopg2
from psycopg2.extras import RealDictCursor

cursor_name = datetime.datetime.now().isoformat()

dsn = 'postgresql://...:...@....us-east-1.rds.amazonaws.com/...'
conn = psycopg2.connect(dsn, cursor_factory=RealDictCursor)

with conn.cursor(cursor_name) as cursor:
    sql = "SELECT * FROM pageviews ORDER BY user_id;"
    cursor.execute(sql)
    for i, row in enumerate(cursor):
        print(i, row)

I need to stream the entire ordered table and perform a streaming groupby and then run some computation on each grouped object. I'm looking to asyncpg to decrease the IO time.

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Línea de trabajo

Empieza con la llamada asyncpg.cursor proporcionada dentro de la transacción, usando la consulta grande y ordenada de pageviews y la configuración de prefetch. Compara su comportamiento con el ejemplo de cursor con nombre de psycopg2 y verifica si el streaming comienza sin bloquearse. Se considera terminado cuando el conjunto de resultados ordenado puede consumirse incrementalmente en las versiones de PostgreSQL y Python indicadas.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
postgresql, python
Área
database
Tipo de issue
Error
Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Bastante claro
Aptitud para principiantes
35/100

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