wfdb.io._url.NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/ecg-arrhythmia/1.0.0/WFDBRecords/01/010/.hea
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- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
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Descripción
import os
import wfdb
for db in wfdb.get_dbs():
print(db)
def download_dataset_from_physionet(dataset_name: str):
# https://wfdb.readthedocs.io/en/latest/io.html#module-1
print(f"Downloading {dataset_name} dataset from PhysioNet...")
if not os.path.exists("physionet"):
os.makedirs("physionet")
if not os.path.exists("physionet/" + dataset_name):
os.makedirs("physionet/" + dataset_name)
wfdb.dl_database(db_dir=dataset_name,
dl_dir=os.path.join(os.getcwd(), "physionet", dataset_name),
records='all',
annotators='all',
keep_subdirs=True,
overwrite=False)
print(f"Downloaded {dataset_name} dataset from PhysioNet!")
# Download the MIT-BIH dataset
download_dataset_from_physionet("mitdb") # This one downloads
# Download the ECG arrhythmia dataset
download_dataset_from_physionet("ecg-arrhythmia") # This one doesn't, see traceback below
...
['ecg-arrhythmia', 'A large scale 12-lead electrocardiogram database for arrhythmia study']
.....
Downloading mitdb dataset from PhysioNet...
Downloading ecg-arrhythmia dataset from PhysioNet...
Generating list of all files for: WFDBRecords/01/010/
Traceback (most recent call last):
File "I:\nasty\Python_Projects\Healthcare\ECG_Classification_Scholarship_Project\main.py", line 27, in <module>
download_dataset_from_physionet("ecg-arrhythmia")
File "I:\nasty\Python_Projects\Healthcare\ECG_Classification_Scholarship_Project\main.py", line 15, in download_dataset_from_physionet
wfdb.dl_database(db_dir=dataset_name,
File "C:\Users\chalu\AppData\Local\Programs\Python\Python311\Lib\site-packages\wfdb\io\record.py", line 3065, in dl_database
record = rdheader(
^^^^^^^^^
File "C:\Users\chalu\AppData\Local\Programs\Python\Python311\Lib\site-packages\wfdb\io\record.py", line 1847, in rdheader
header_content = download._stream_header(file_name, pn_dir)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "C:\Users\chalu\AppData\Local\Programs\Python\Python311\Lib\site-packages\wfdb\io\download.py", line 109, in _stream_header
content = f.read()
^^^^^^^^
File "C:\Users\chalu\AppData\Local\Programs\Python\Python311\Lib\site-packages\wfdb\io\_url.py", line 581, in read
result = b"".join(self._read_range(start, end))
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "C:\Users\chalu\AppData\Local\Programs\Python\Python311\Lib\site-packages\wfdb\io\_url.py", line 474, in _read_range
with RangeTransfer(self._current_url, req_start, req_end) as xfer:
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "C:\Users\chalu\AppData\Local\Programs\Python\Python311\Lib\site-packages\wfdb\io\_url.py", line 168, in __init__
self._parse_headers(method, self._response)
File "C:\Users\chalu\AppData\Local\Programs\Python\Python311\Lib\site-packages\wfdb\io\_url.py", line 214, in _parse_headers
raise cls(
wfdb.io._url.NetFileNotFoundError: 404 Error: Not Found for url: https://physionet.org/files/ecg-arrhythmia/1.0.0/WFDBRecords/01/010/.hea
Seems to be trying to find a filename that doesn't exist? When you navigate to https://physionet.org/files/ecg-arrhythmia/1.0.0/WFDBRecords/01/010 there are files in there, but the code is looking for .hea which doesn't exist?
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Comienza en wfdb.dl_database en wfdb/io/record.py y sigue la descarga a través de wfdb/io/download.py y wfdb/io/_url.py. Reproduce la solicitud del conjunto de datos ecg-arrhythmia e inspecciona cómo se interpreta WFDBRecords/01/010/. La tarea estará terminada cuando el conjunto de datos se pueda descargar sin solicitar la ruta .hea que falta.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- python
- Área
- data
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bastante claro
- Aptitud para principiantes
- 35/100