Some ndarrays are not translated to Julia arrays
- Lenguaje dominante
- Julia
- Estrellas
- 1.5k
- Forks
- 186
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Descripción
I am not sure how to reduce this. This requires `pymatgen` library which can be installed by `conda install --channel conda-forge pymatgen`.
```julia
julia> using PyCall
julia> pmg = pyimport("pymatgen")
PyObject
julia> structure = pmg.Structure.from_file("D:/Temp/C.vasp")
PyObject Structure Summary
Lattice
abc : 4.3635439873 4.363543987280233 69.108813801
angles : 90.0 90.0 60.00000381533356
volume : 1139.5747128269852
A : 4.3635439873 0.0 0.0
B : 2.181771742 3.7789400888 0.0
C : 0.0 0.0 69.108813801
PeriodicSite: C (-1.0909, -0.6298, 6.7636) [-0.1667, -0.1667, 0.0979]
PeriodicSite: C (-3.2727, -1.8895, 20.2908) [-0.5000, -0.5000, 0.2936]
PeriodicSite: C (-5.4544, -3.1491, 33.8180) [-0.8333, -0.8333, 0.4893]
PeriodicSite: C (-7.6362, -4.4088, 47.3452) [-1.1667, -1.1667, 0.6851]
julia> structure.lattice.matrix # expect a julia matrix here.
PyObject array([[ 4.36354399, 0. , 0. ],
[ 2.18177174, 3.77894009, 0. ],
[ 0. , 0. , 69.1088138 ]])
```
I was expecting a julia matrix in the last output. `D:/Temp/C.vasp` is here
```
C
1.0
4.3635439873 0.0000000000 0.0000000000
2.1817717420 3.7789400888 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 69.1088138010
C
4
Cartesian
-1.090885694 -0.629823198 6.763601725
-3.272657083 -1.889469593 20.290805175
-5.454428472 -3.149115989 33.818008626
-7.636199861 -4.408762384 47.345212076
```
In Python
```python
In [3]: import pymatgen as pmg
In [4]: structure = pmg.Structure.from_file("D:/Temp/C.vasp")
In [5]: structure.lattice.matrix
Out[5]:
array([[ 4.36354399, 0. , 0. ],
[ 2.18177174, 3.77894009, 0. ],
[ 0. , 0. , 69.1088138 ]])
In [6]: type(structure.lattice.matrix)
Out[6]: numpy.ndarray
```
```julia
julia> versioninfo()
Julia Version 1.5.0
Commit 96786e22cc (2020-08-01 23:44 UTC)
Platform Info:
OS: Windows (x86_64-w64-mingw32)
CPU: Intel(R) Core(TM) i5-8265U CPU @ 1.60GHz
WORD_SIZE: 64
LIBM: libopenlibm
LLVM: libLLVM-9.0.1 (ORCJIT, skylake)
(@v1.5) pkg> st
Status `C:\Users\xxx\.julia\environments\v1.5\Project.toml`
[7073ff75] IJulia v1.21.2
[438e738f] PyCall v1.91.4
[d330b81b] PyPlot v2.9.0
[295af30f] Revise v2.7.3
```
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Línea de trabajo
No se nombra ningún archivo fuente ni ninguna prueba. Reproduce el caso de Julia 1.5/Windows con PyCall y pymatgen y, a continuación, sigue cómo se devuelve structure.lattice.matrix, un numpy.ndarray; se considera terminado cuando el ndarray se convierte en la matriz de Julia esperada sin romper el manejo de otros arrays de Python.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- julia, numpy, python
- Área
- data
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Necesita aclaración
- Aptitud para principiantes
- 25/100