ISISNeutronMuon / ISISNeutronMuon/MDMC
Does MDMC OPLS-aa force field follow OPLS-aa properly for the lj/coul interaction when lammps engine is used?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 4
- Fork
- 0
- Merge medio
- 2g 4h
- PR unite (30g)
- 5
Descrizione
**Description of the error**
In MDMC, there is the option to load the OPLS-aa force field. According to https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ja9621760, non-bonded interactions are only applied between atoms separated by three or more bonds, and only 1/2 the interaction strength when separated by three bonds
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ja9621760
In LAMMPS, you'd need to use the https://docs.lammps.org/special_bonds.html option to do this. It is not clear to me that this is being used in the MDMC code via pylammps.
Default for special bonds is "All 3 Lennard-Jones and 3 Coulombic weighting coefficients = 0.0, angle = no, dihedral = no.". To use OPLS correctly, we need something like `special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5`, not the default.
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Direzione di ricerca
Individua il codice MDMC che configura LAMMPS tramite pylammps e verifica se viene emesso un comando special_bonds per il campo di forza OPLS-aa. Confronta i pesi configurati di Lennard-Jones e Coulomb con 0.0 0.0 0.5, quindi verifica il comportamento con i test esistenti pertinenti o con un’esecuzione minima di LAMMPS.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- backend
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Stato di attività
- Tranquilla
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 55/100