INCATools / INCATools/semantic-sql
Handling KEGG Prefixes with Identical URI Resolution
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
- Vorherrschende Sprache
- Python
- Sterne
- 69
- Forks
- 7
- Ø Merge
- 8 Min.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 1
Beschreibung
KEGG Ontology Prefix Handling
We are currently using two KEGG prefixes:
- kegg.reaction (KEGG Reaction)
- kegg.pathway (KEGG Pathway)
Both of these prefixes resolve to the same base URL: https://www.kegg.jp/entry. For example:
I have been manually editing the prefix.csv files in my semsql installation to handle prefixes that are not already defined for ontologies we are currently developing. However, I'm uncertain how best to handle the KEGG prefixes given their shared resolution.
Any suggestions or guidance on a robust solution for this issue would be greatly appreciated.
Beitragsleitfaden
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginnen Sie mit der Untersuchung der prefix.csv-Dateien und der Behandlung der Präfixauflösung in der semsql-Installation. Ermitteln Sie, wie kegg.reaction und kegg.pathway getrennt bleiben und gleichzeitig https://www.kegg.jp/entry gemeinsam verwenden sollten, und überprüfen Sie anschließend, dass beide Präfixe ohne manuelle Änderungen korrekt aufgelöst werden.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- python, sql
- Bereich
- databases
- Issue-Typ
- Feature
- Schwierigkeit
- 5/5
- Geschätzter Aufwand
- Über eine Woche
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Anfängerfreundlichkeit
- 25/100