INCATools / INCATools/semantic-sql

Include PyOBO products

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Lingua principale
Python
Stelle
69
Fork
7
Merge medio
8m
PR unite (30g)
1

Descrizione

See https://github.com/biopragmatics/obo-db-ingest

It would be quite easy to add these as builds, and distribute the sqlite on s3.

Advantages:

  • easy to query in OAK (though some methods and commands e.g tree wouldn't make sense as these wouldn't follow expected structural shapes for ontologies)
  • fast to query via SQL

Note there is ongoing discussion about URIs for these, but semantic-sql doesn't care, we store things natively as CURIEs, and the prefix table can be swapped to anything.

Ideally the products would be built and distributed (obo/owl/json) upstream, to avoid running the build step, as this introduces an additional source of potential pipeline failure, we also have to determine memory/disk requirements

cc @cthoyt

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia con il repository obo-db-ingest collegato e con i punti di ingresso esistenti per build e distribuzione di semantic-sql. Chiarisci quali prodotti PyOBO devono essere supportati, se è possibile consumare prodotti OBO/OWL/JSON upstream e quali sono i requisiti di memoria, disco, URI e distribuzione S3. Il lavoro è completato quando i prodotti selezionati vengono compilati in modo affidabile e i relativi database SQLite vengono distribuiti per le query OAK.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python, sqlite
Ambito
build-system, database
Tipo di issue
Funzionalità
Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Da chiarire
Idoneità per principianti
25/100

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