CodeForPhilly / CodeForPhilly/chime

["model"] Results from running files (models, __init__, parameters, constants, base, validators) from develop branch in notebook differ from CHIME web app census csv download

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models
Langage dominant
Python
Étoiles
210
Forks
153
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

### Summary
I work for a data science team at a health system, we have limited knowledge/prior experience running docker containers etc so we downloaded (via urllib.request) the files in the src/pnn_chime folder to run locally and output csvs for patient census in each one of our regions our health system covers. code is in attached notebook. fyi, was having problems getting the relative imports to run so I regexed them out so the file could be run by exec().

The output from doing this direct file download and running is different than the output from the CHIME web app even though the same files should be running in both examples

### Additional details
ex row of region data:
Pop | current_hosp | date first hosp | doubling_time | initial_infections | hosp_rate | icu_rate | vent_rate | hosp_los | icu_los | vent_los | market_share
-- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | --
604227 | 14 | 3-18-2020 | 7 | 61 | 0.025 | 0.01 | 0.0075 | 7 | 9 | 10 | 0.233

output for that region
[2020-04-05_projected_census.xlsx](https://github.com/CodeForPhilly/chime/files/4435710/2020-04-05_projected_census.xlsx)

python notebook file as text file:
[automated_notebook_to_text.txt](https://github.com/CodeForPhilly/chime/files/4435713/automated_notebook_to_text.txt)

### Suggested fix
unknown

Guide de contribution

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Piste de recherche

Commencez par le fichier joint automated_notebook_to_text.txt et les fichiers sous src/pnn_chime, notamment models, __init__, parameters, constants, base et validators. Reproduisez l’exécution locale et comparez son CSV ou XLSX de recensement projeté pour la région fournie avec le téléchargement de l’application web CHIME ; le travail est considéré comme terminé lorsque l’écart est expliqué et qu’une correction proposée est identifiée.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
python
Domaine
data
Type d'issue
Bug
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
À clarifier
Accessibilité débutants
20/100

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