Aluriak / Aluriak/predator

viz of DAG not implemented if no targets

Đang mở
#3 0 bình luận 0 reaction 1 người được giao Được @cfrioux nhận Xem trên GitHub
bug
Ngôn ngữ chính
Python
Star
3
Fork
2
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

When using the ```-vd```option without targets, the program runs normally and says the image was created although this is not the case:

```python -m predator networks/ns_2.sbml -vd viz/ns_2_dag.png```

gives the following output:
```
DEBUG args = Namespace(export=None, forbidden_seeds=[], forbidden_seeds_file=None, greedy=False, infile='networks/ns_2.sbml', info=False, intersection=False, no_prerun=False, no_topological_injection=False, pareto=False, pareto_full=False, scc_with_asp=False, seeds=[], seeds_file=None, semantic_injection=False, targets=[], targets_are_forbidden=False, targets_file=None, union=False, verbose=False, visualize=None, visualize_dag='viz/ns_2_dag.png', visualize_without_reactions=None)
Solution 1:
h, o, a, g, e, k, m

Solution 2:
h, n, a, g, e, k, m

Solution 3:
h, a, g, e, k, m, b

end of solutions.
Rendering…
-> DAG of SCC rendered in viz/ns_2_dag.png
-> Ok!
TIME DATA EXTRACTION: 0.0s
TIME PRE-RUN : 0.334s
TIME SCCs EXTRACTION: unperformed
TIME SEED SEARCH : 2.035s
TIME RENDERING : 0.0s
TIME TOTAL : 2.036s
```

The reason is that without targets, the DAG is not generated. Since args.visualize_dag is replaced by the dag only if targets exist, the code exits normally as if the graph was exported and the output says so.

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.