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AllenNeuralDynamics
236 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen
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aind-ephys-pipeline
AIND pipeline for processing extracellular electrophysiology data
Nextflow · 41 Sterne
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aind-data-schema
A library that defines AIND data schema and validates JSON.
Python · 34 Sterne
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openscope-community-predictive-processing
This repository serves as a hub for community-driven contributions, documentation, and project tracking of the OpenScope Predictive Proce...
Python · 26 Sterne
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aind-ephys-spikesort-kilosort25-full
CodeOcean capsule for full electrophysiology analysis pipeline using Kilosort2.5 via SpikeInterface.
Python · 14 Sterne
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aind-large-scale-cellpose
Large-scale cell segmentation with cellpose.
Python · 10 Sterne
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Rhapso
An open-source Python toolkit for large-scale fluorescence microscopy data alignment and fusion.
Python · 9 Sterne
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dynamic-foraging-task
Bonsai/Harp workflow for Dynamic Foraging with Python GUI for visualization and control
Python · 7 Sterne
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aind-smartspim-pipeline
Repository that hosts the SmartSPIM pipeline code
Nextflow · 6 Sterne
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TigerASI
a lightweight python interface for ASI brand Tiger Controllers
Python · 5 Sterne
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wavpack-numcodecs
Numcodecs implementation of the WavPack audio codec
C · 5 Sterne
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anivia
Fork of VGG VIA to better support annotation of animal pose images
JavaScript · 4 Sterne
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harp.device.treadmill-driver
0326: a Harp-compatible device for controlling an instrumented mouse treadmill
Jupyter Notebook · 4 Sterne
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voxel-classic
General purpose microscope control repository
Python · 4 Sterne
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view
Model/View for exa-spim
Python · 4 Sterne
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harp.device.lickety-split
0360: an ephys-compliant capacitive lick detector
C++ · 4 Sterne
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runze-control
Python Driver for Aurora Pro Scientific (aka Runze Fluid) syringe pumps
Python · 4 Sterne
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parallax
Automatic detection of probe position from multiple camera views
Python · 4 Sterne
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aind-SmartSPIM-segmentation
segmentation module for SmartSPIM cloud pipeline
Python · 4 Sterne
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aind-smartspim-stitch
Stitching and fusion pipeline in the cloud
Python · 4 Sterne
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aind-smartspim-ccf-registration
Registration of lightsheet whole brain images to the Allen CCF V3 Atlas
Python · 4 Sterne
- 216 weitere Repositories liegen auf Auf GitHub ansehen
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Add segmentation module Offenenhancement
AllenNeuralDynamics/lightsheet-compression-tests#4 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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enhancement
AllenNeuralDynamics/python-newscale#2 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/python-newscale#4 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/python-newscale#6 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/python-newscale#9 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Timeout exception Offen
AllenNeuralDynamics/python-newscale#10 · 6 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/spim-core#1 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/spim-core#2 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/spim-core#5 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/spim-core#21 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/spim-core#22 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/diSpim-UI#24 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Multiscan Ability Offen
AllenNeuralDynamics/diSpim-UI#29 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/diSpim-UI#32 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#6 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#8 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Check System Memory Offenworking_on_it
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#10 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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needs_hardware_test
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#14 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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enhancement
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#17 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#20 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#21 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#25 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Config Validation Offen
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#26 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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architecture
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#27 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#31 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#32 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#33 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#34 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#36 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Log File Quirks Offen
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#37 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Missing Schema Fields Offen
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#40 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#47 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#49 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#51 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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MIP Process Offen
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#52 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#53 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#54 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#55 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Reset NIDAQ Offen
AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#56 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#57 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exa-spim-control#60 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort25-full#17 · 13 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort25-full#22 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Postprocessing hangs Offen
AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort25-full#24 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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question
AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort25-full#28 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Error using indexing Offen
AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort25-full#29 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exaSpim-UI#1 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/exaSpim-UI#4 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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ExaSpim UI Feature Adds Offen
AllenNeuralDynamics/exaSpim-UI#5 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/exaSpim-UI#6 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·