AllenNeuralDynamics / AllenNeuralDynamics/neuron-tracing-utils

FYI: Major refactoring ahead

オープン
#3 コメント 2 件 リアクション 0 件 担当者 0 名 GitHub で見る
主要言語
Jupyter Notebook
スター
3
フォーク
0
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

@carshadi, just to let you know that there have been some major refactoring of SNT's Path class:
Basically in SNT 5.0 all of the archaic arrays holding every single feature of path nodes have been replaced with a single list of PathNode objects. Quick tests on the demo datasets show faster A* searches under less memory (~20-30% for both).

I am convinced that things work smoother now with pyimagej because the architecture is streamlined significantly.

The old startJoins, startJoinsPoint fields, etc. are deprecated. They _should_ still work, but if you run into issues the new equivalent methods/fields are hopefully more intuitive:

```
Path.getStartJoins -> Path.getParentPath()
Path.getStartJoinsPoint() -> Path.getBranchPoint()
Path.setStartJoin(parentPath, branchPoint) -> Path.setBranchFrom(parentPath, branchPoint)
Path.disconnectFromAll() -> Path.detachFromParent()
````

Also, `Path.createCircles()` and a bunch of other methods related to radii are no longer needed and do nothing now.

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

評価

この issue はまだ評価されていません。

新しい issue をメールで受け取る

初心者向けの GitHub issue を短くまとめたダイジェスト。