AllenNeuralDynamics / AllenNeuralDynamics/aind-ephys-transformation

[Testing Arch] Prepare test artifacts for ecephys compression package

Đang mở
#25 1 bình luận 0 reaction 1 người được giao Được @yosefmaru nhận Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
Python
Star
0
Fork
1
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

As part of the testing infrastructure POC, we would like to test the ecephys compression package. Currently, the repo has unit tests with mock data, and limited integration tests (100 frames?).

This issue is to prepare test artifacts- @alejoe91 suggests we clip a session to 15minutes to use as our source data. He has also provided a clipping script for clipping ephys data.

- [ ] Find a good ephys session to use as source data. It should be a recent session that is representative, with multiple experiments and probes.
- [ ] Run clipping script to clip 15 minutes of the session and save output on VAST. This can be used as the source data for integration tests.
- [ ] Run the ecephys compression package to generate compressed data.
- [ ] Verify results and save on VAST as expected output

Edit: there are existing test assets on VAST. We can potentially reuse these. Timebox this effort to 0.5 days.

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.