AllenNeuralDynamics / AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-bfm-wrapper

Planning: FIP data loader

Đang mở
#38 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
Python
Star
0
Fork
1
Merge trung bình
4 giờ 5 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
24

Mô tả

I'm starting to fit the disrnn models with FIP data inputs. This will require either a new data loader, or modification of the mice data loader. This is a place to record some planning notes

### Requirements
I need to specify the following information in the hydra model

For each input feature:
- Which fiber (0-3)
- Which channel (G, R, Iso)
- Which processing method (many possible)
- What time window (eg, 0-2s) around what time event (eg, goCue). This may involve prev/current choice indexing.

### First pass implementation
I added a new data loader that builds the FIP dataframe, z-scores the channels, and gets the average signal window

```python
fiber = 0
channel = 'G'
method='dff-bright_mc-iso-IRLS'
full_channel_name = f'{channel}_{fiber}_{method}'

nwb.df_fip = nu.create_df_fip(nwb,verbose=False)
nwb.df_fip = ed.zscore_fip(nwb.df_fip)
nwb.df_trials = tm.get_average_signal_window(
nwb,
alignment_event='goCue_start_time_in_session',
offsets = [0,2],
channel=full_channel_name,
data_column = 'data_z',
output_col='NE_FIP'
)
```

### Details to work out
- How to deal with NaNs, or missing values? It looks like one session has a single NaN. Its not clear where this is coming from. For now, I'm just filling it in with a 0 (z-scored data). But we should have a more robust checking and filling method

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.