AllenCell/allencell-segmenter-ml

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Napari plugin for ml segmentation

Stelle: 5
Fork: 3
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 171

Lingua principale: Python
Licenza: Nessun dato sulla licenza
Ultimo push su GitHub: 22/9/2025
Ultima indicizzazione: 13/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Aperta Tutte

171 issue indicizzate finora

Bug - minor: "Training finished" dialog pops up instead of a warning dialog notifying user's input error Aperta

🚨 high priority🚨 refactor UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#438 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Training: Patch Size input - enforce value of x, y, and z to be multiples of 4 Aperta

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#439 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Training: Training Progress dialog: display final loss value Aperta

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#440 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
UX: user support: Add guidance to get start Aperta

needs prioritization UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#442 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
[Pre-release] Rename to allencell-segmenter-ml Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#447 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Batch Size: A reasonable default and potential safeguards Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#451 · 2 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Use TaskExecutor instead of doWork for long-running tasks Aperta

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#452 · 6 commenti · 0 reazioni · 3 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Display prediction results correctly for on-screen images Aperta

🚨 high priority🚨 bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#456 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Require >= 4 images in dataset Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#457 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Using prediction with previously selected output folder Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#467 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
If a mask is created but not saved, show a warning dialog box Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#468 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Canceling training run while running freezes app Aperta

🚨 high priority🚨 bug wontfix

AllenCell/allencell-segmenter-ml#469 · 7 commenti · 0 reazioni · 2 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Move IO off of main thread in prediction Aperta

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#470 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Document environment requirements Aperta

🚨 high priority🚨 needs clarification

AllenCell/allencell-segmenter-ml#475 · 1 commento · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Reformat make file Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#484 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Decide on dev version protocol Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#490 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Check for compatible cuda and pytorch version and show dialog box with instructions if needed Aperta

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#491 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Model metadata Aperta

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#492 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
write documentation for installing a compatible version of pytorch and cuda Aperta

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#493 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
napari bundled app install investigation Aperta

🚨 high priority🚨 needs clarification

AllenCell/allencell-segmenter-ml#494 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Thresholding UI Aperta

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#495 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
update README Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#497 · 1 commento · 0 reazioni · 4 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
create Model class Aperta

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#500 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Prediction channel selection Aperta

🚨 high priority🚨 bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#502 · 1 commento · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Tooltip text update for "Patch size" Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#504 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Bug: Prediction: Error when old & new images coexist Aperta

bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#505 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Discussion: establish rule when on-screen images should be cleared out Aperta

needs clarification needs prioritization

AllenCell/allencell-segmenter-ml#506 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Suggest changes to README before final version Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#509 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Change patch size validation to multiple of 8 instead of multiple of 4 Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#510 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
TrainingView.showResult refactor Aperta

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#521 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
returns optional pattern Aperta

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#522 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
set_current_view(view, disableOthers) Aperta

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#523 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Missing step in Installation instruction Aperta

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#525 · 3 commenti · 0 reazioni · 2 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Bug: Training: 2D training not possible Aperta

bug needs prioritization

AllenCell/allencell-segmenter-ml#526 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Bug: Prediction: no channel selected before run would produce an error Aperta

bug needs prioritization

AllenCell/allencell-segmenter-ml#527 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
test Aperta

needs prioritization Requests

AllenCell/allencell-segmenter-ml#532 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Thresholding Aperta

🚨 high priority🚨 Requests v1

AllenCell/allencell-segmenter-ml#533 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Iterative training Aperta

🚨 high priority🚨 Requests v1

AllenCell/allencell-segmenter-ml#534 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
fewfewfew Aperta

needs prioritization Requests

AllenCell/allencell-segmenter-ml#536 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Patch size grid artifact in segmentation mask output Aperta

needs prioritization Requests

AllenCell/allencell-segmenter-ml#541 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
User docs Aperta

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#543 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 13/9/2026
Add pop-up dialog box for CPU vs GPU info Aperta

needs prioritization Requests

AllenCell/allencell-segmenter-ml#546 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
test Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#559 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
test Aperta

needs prioritization Requests

AllenCell/allencell-segmenter-ml#560 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
test Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#562 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Enforce multiples of 16 for patch size instead of 4 Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#563 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
batch size = 1 needs to be overridden for predictions Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#564 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Testing Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#566 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Prediction failed using a model trained from scratch Aperta

AllenCell/allencell-segmenter-ml#568 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026
Refactoring ThresholdingModel and Thresholding event design Aperta

🚨 high priority🚨 refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#578 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 13/9/2026

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