AllenCell / AllenCell/aics-segmentation

Newest version of scikit-image (0.20.0) causes error while running MO()

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Jupyter Notebook
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26
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Description

Running MO() from aicssegmentation.core.MO_threshold causes an error with the newest version of scikit-image (see screenshot). The error originates from skimage.morphology.remove_small_objects(). The 'in_place' kwarg seems to have been deprecated in the latest v0.20.0.

Screenshot 2023-03-16 160837

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