AlertaDengue / AlertaDengue/AlertTools

Improve sql queries : case aggregation

Aberta
#11 10 comentários 0 reações 4 responsáveis Reivindicada por @luabida Ver no GitHub
help wanted
Linguagem predominante
R
Estrelas
1
Forks
0
Merge médio
11d 23min
PRs com merge (30d)
1

Descrição

# Problem

Currently, line list of cases are queried and then aggregated. In order to include group_by in the sql query, we need to
compute the epiweek.

# Why do that

To optimize consultation, this is also useful for the webpage

# current code (AlertTools::getCases.R)

```R
comando <- paste("SELECT * from \"Municipio\".\"Notificacao\" WHERE dt_digita <= '",lastday,
"' AND dt_digita >= '",firstday, "' AND municipio_geocodigo IN (", sqlcity,
") AND cid10_codigo IN(", sqlcid,")", sep="")

dd <- dbGetQuery(datasource,comando)

dd$se_sin_pri <- epiweek(as.Date(dd$dt_sin_pri, format = "%Y-%m-%d"))
dd <- dd %>%
mutate(ano_sinpri = epiyear(dt_sin_pri),
SE = ano_sinpri*100+se_sin_pri)

casos <- dd %>%
group_by(municipio_geocodigo, SE) %>%
summarise(
casos = length(classi_fin),
cas_prov = sum(classi_fin != 5, na.rm = TRUE),
cas_lab = sum(classi_fin != 5 & criterio == 1 , na.rm = TRUE))
```

Guia de contribuição

Nenhum guia de contribuição indexado para este repositório

Avaliação

Esta issue ainda não foi avaliada.

Receba novas issues na sua caixa de entrada

Um resumo curto de issues do GitHub para quem está começando.