AberystwythSystemsBiology / AberystwythSystemsBiology/pyMEAN

Hypergeometric test from scipy does not have the right parameters fed

Offen
#2 0 Kommentare 0 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen
Vorherrschende Sprache
Python
Sterne
9
Forks
2
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beschreibung

```python
p_value = 1-hypergeom.cdf(
num_hits-1,
population-num_dbids,
num_cpds,
num_dbids)
```

According to scipy doc: cdf or sf take for argument : `(k, M, n, N, loc=0)` where M is the total number of objects (and not n=N-m like in R `phyper`, so here it should be the population.
Also the `fisher_exact` test could take an `alternative` param 'greater' so that both p-value would be the same, as Fischer is based on hypergeometric distribution.
I hope this package is still maintain :)

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Bewertung

Dieses Issue wurde noch nicht bewertet.

Neue Issues direkt in Ihr Postfach

Eine kurze Übersicht über anfängerfreundliche GitHub-Issues.