[Bug] 3.11.2 设置中"用户层面"添加自定义子智能体：实际挂到当前项目且无法编辑，用户级持久化失败

环境

ZCode 桌面客户端 3.11.2（dev.zcode.app），macOS 26.6 Apple Silicon。当前工作区为主目录 /Users/lizhengyi。

复现步骤

1. 设置 → 子智能体 → 添加，作用域明确选择 用户层面。
2. 填写名称/提示词保存。

现象

1. 子智能体出现在列表中，但归属显示为项目 lizhengyi（即当前工作区），不是用户级；其他工作区不可见。
2. 点开该子智能体后无法调整（编辑/改作用域均无效）。
3. 文件系统侧证据（逐一排查）：
   • ~/.zcode/agents/ 目录被创建但为空（无任何 Markdown 落盘）；
   • ~/.zcode/v2/agents-state.json、setting.json、config.json 均无子智能体记录；
   • cli/db/db.sqlite 与 v2/tasks-index.sqlite 无相关表/记录。
     即用户级持久化完全失败。

推测

当前工作区为主目录时，工作区级配置目录 <workspace>/.zcode/ 与用户级 ~/.zcode/ 物理上是同一个目录，客户端的作用域归属判断可能因此错乱（写入工作区作用域 → 显示挂到项目；编辑时按用户级查找 → 找不到 → 不可编辑）。

期望

用户层面添加的子智能体应全局生效（所有工作区可见）、落盘为用户级配置（如 ~/.zcode/agents/*.md）、且可正常编辑。

附加问题

文档提到自定义子智能体以 Markdown 文件配置（model 字段决定模型）。手动放置 ~/.zcode/agents/<name>.md 能否被识别？如可，请补充该目录的文件格式说明，便于绕过 GUI 问题。

Start by tracing user- and workspace-scope handling for subagents from the settings flow, using the reported paths ~/.zcode/agents/, ~/.zcode/v2/agents-state.json, setting.json, config.json, and the SQLite files as persistence checkpoints. Reproduce with the workspace set to /Users/lizhengyi; done means a user-scoped agent is stored under ~/.zcode/agents/, appears in every workspace, and can be edited.