[Bug] stdio MCP server 全链路正常（进程运行/握手成功/UI 显示 27 工具）但会话工具列表未注入

提交前确认 · Pre-submission checklist

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已搜索 #107（args 含空格解析）、#139（enable/enabled 字段冲突）、#150（HTTP fetch failed）等 MCP 相关 issue，均与本问题不同：本 issue 的核心是 stdio MCP server 全链路正常（进程运行、stdio 通道连接、tools/list 返回 27 工具、UI 显示 connected），但会话工具列表未注入，与 args 解析、enable 字段、HTTP 连接均无关。

问题类别 · Category

工具调用 / MCP · Tool use / MCP

涉及的 Agent 框架 · Agent framework

ZCode Agent（自研）

严重程度 · Severity

阻断 · Blocker（自定义 stdio MCP server 完全无法在会话中使用）

复现频率 · Reproducibility

必现 · Always

问题描述 · Description

在 ZCode 桌面客户端配置一个自定义 stdio MCP server（基于 FastMCP 3.0.2 的 Python 服务）。该 server 的连接、握手、工具注册在所有技术层面均正常，但工具始终未被注入到会话可用工具列表，AI 在会话内完全无法调用。

关键矛盾点：Settings → MCP UI 显示该 server 为 "connected" 且能列出 27 个工具，但会话内 AI 的工具列表中不存在任何该 server 的工具（mcp__fairygui-tools__* 缺失）。同时，ZCode 内置 MCP（mcp__4_5v_mcp__、mcp__node_repl__、mcp__web_reader__）正常可用。

日志层面，每次 session/resume 都报告 "mcpServerCount":0, "mcpServerNames":[]，但内置 MCP 同样不被计入此字段却能正常使用，因此该字段的语义存疑，无法作为判断依据。

复现步骤 · Steps to reproduce

1. 准备一个自定义 stdio MCP server（本例为 FastMCP 3.0.2 实现的 FairyGUI 编辑器自动化工具，27 个工具）。
2. 在 Settings → MCP 新建一个 MCP server，作用域分别尝试 工作区 和 用户：
   • 类型：stdio
   • 命令：python
   • 参数：-c "<一段含空格和分号的 Python 内联脚本>"
3. 确认列表中该 server 状态为 connected，且显示 27 个工具。
4. 新建会话（在添加 MCP 之后）。
5. 让 AI 列出可用的 mcp__fairygui-tools__* 工具 —— 结果为空。

期望表现 · Expected behavior

会话创建后，该 server 的 27 个工具应出现在 AI 的可用工具列表中（形如 mcp__fairygui-tools__fg_list_packages），与内置 MCP 一样可被调用。

实际表现 · Actual behavior

AI 会话内工具列表只有 3 组内置 MCP（mcp__4_5v_mcp__、mcp__node_repl__、mcp__web_reader__），自定义 stdio MCP 的工具完全不出现。

诊断证据 · Diagnostic evidence

以下证据表明 server 在所有技术环节均正常，问题出在 ZCode 客户端"已连接 MCP → 会话工具注入"这一内部环节：

① MCP server 进程正常运行，stdio 通道连接正确

PID 58828 (python.exe) — fairygui MCP server
  ↑ parent
PID 92112 (ZCode.exe, "app-server --stdio")
  ↑ parent
PID 75004 (ZCode.exe)
  ↑ parent
PID 92888 (ZCode.exe, 主进程)

进程命令行完整正确（单条 -c 脚本字符串），进程启动后保持运行（内存约 140MB，CPU 约 1s，表明完成握手后空闲等待请求）。

② 手动对 server 进程发 MCP 协议握手，完全正常
通过 stdio 向 server 发送标准 initialize + notifications/initialized + tools/list，server 正确返回：

{"jsonrpc":"2.0","id":1,"result":{"protocolVersion":"2024-11-05","serverInfo":{"name":"fairygui-tools","version":"3.0.2"}}}
{"jsonrpc":"2.0","id":2,"result":{"tools":[{"name":"fg_list_packages",...}, ...共 27 个工具]}}

③ Settings → MCP UI 显示 connected + 27 工具（用户确认）

④ 但日志 session/resume 始终报告 mcpServerCount: 0

[session/resume] {"mcpServerCount":0,"mcpServerNames":[],...}

注：内置 MCP（node_repl 等）也不被计入 mcpServerCount，但它们能正常使用，所以该字段语义不明。

⑤ 作用域已尝试"工作区"和"用户"两种，问题一致

• 工作区级：配置文件 <workspace>/.zcode/config.json（此处 .zcode 是指向 .claude 的符号链接，疑似相关）
• 用户级：配置文件 ~/.zcode/cli/config.json
  两种作用域下，server 进程都正常启动、UI 都显示 connected+27 工具，但会话工具都不注入。

已排除的假设 · Ruled out causes

假设	排除依据
server 起不来 / crash	进程正常运行，手动握手成功
args 被 UI 按空格拆分（#107）	配置文件里确实被拆分，但 ZCode spawn 时重新合并，进程实际命令行是正确的单条字符串
enable:false 停用（#139）	配置里无 enable 字段；且尝试用户级/工作区级均如此
cwd 错误导致 server 找不到项目根	进程命令行正确，手动握手返回正确工具
会话创建早于 MCP 连接（时序问题）	已确认"先添加 MCP、确认 connected 后再新建会话"，顺序正确
工程级符号链接导致加载失败	改为用户级（~/.zcode/cli/config.json，无符号链接）后问题依旧

ZCode 版本 · ZCode version

3.5.2.3869

设备 / 系统 · Device / OS

Windows 11 企业版 10.0.26200 (x64)

附注 · Notes

• 内置 MCP（mcp__4_5v_mcp__、mcp__node_repl__、mcp__web_reader__）的配置在所有配置文件、插件 manifest 中均找不到，疑似 ZCode 客户端硬编码内置，走与配置文件 MCP 不同的注入通道。若如此，希望官方文档能说明"内置/插件 MCP"与"配置文件 MCP"在工具注入上的差异，以及为何后者会失败。
• 该问题导致所有自定义 stdio MCP server 无法使用，影响面较大。盼官方排查"host 层 MCP 连接成功 → 会话工具注入"这条链路在 stdio + 配置文件场景下的断点。

Start by comparing the configured stdio MCP path with the built-in MCP path, using the Settings → MCP state and session/resume logs as evidence. Inspect MCP configuration loading for /.zcode/config.json and ~/.zcode/cli/config.json, then trace where connected servers are added to a new session. Done means the configured server's 27 tools appear in the session tool list and can be called.