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Description
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looks like you need to install or mock torch!
* ModuleNotFoundError: No module named 'torch'
* ModuleNotFoundError: No module named 'embpy.BioEmbedder'
Version information
╭─────┬───────────────────────────┬─────────────╮
│ # │ name │ version │
├─────┼───────────────────────────┼─────────────┤
│ 0 │ accessible-pygments │ 0.0.5 │
│ 1 │ aiohappyeyeballs │ 2.6.2 │
│ 2 │ aiohttp │ 3.14.1 │
│ 3 │ aiosignal │ 1.4.0 │
│ 4 │ anndata │ 0.12.17 │
│ 5 │ appdirs │ 1.4.4 │
│ 6 │ array-api-compat │ 1.15.0 │
│ 7 │ asttokens │ 3.0.1 │
│ 8 │ attrs │ 26.1.0 │
│ 9 │ beautifulsoup4 │ 4.15.0 │
│ 10 │ biopython │ 1.87 │
│ 11 │ broad-babel │ 0.1.31 │
│ 12 │ cirpy │ 1.0.2 │
│ 13 │ click │ 8.4.1 │
│ 14 │ comm │ 0.2.3 │
│ 15 │ contourpy │ 1.3.3 │
│ 16 │ cycler │ 0.12.1 │
│ 17 │ datacache │ 1.5.0 │
│ 18 │ debugpy │ 1.8.21 │
│ 19 │ decorator │ 5.3.1 │
│ 20 │ donfig │ 0.8.1.post1 │
│ 21 │ embpy │ 0.0.1 │
│ 22 │ executing │ 2.2.1 │
│ 23 │ fastjsonschema │ 2.21.2 │
│ 24 │ filelock │ 3.29.4 │
│ 25 │ fonttools │ 4.63.0 │
│ 26 │ frozenlist │ 1.8.0 │
│ 27 │ fsspec │ 2026.6.0 │
│ 28 │ google-crc32c │ 1.8.0 │
│ 29 │ greenlet │ 3.5.1 │
│ 30 │ gtfparse │ 2.7.1 │
│ 31 │ h5py │ 3.16.0 │
│ 32 │ hf-xet │ 1.5.1 │
│ 33 │ huggingface-hub │ 0.36.2 │
│ 34 │ importlib_metadata │ 9.0.0 │
│ 35 │ ipykernel │ 7.3.0 │
│ 36 │ ipython │ 9.14.1 │
│ 37 │ ipython-pygments-lexers │ 1.1.1 │
│ 38 │ ipywidgets │ 8.1.8 │
│ 39 │ jedi │ 0.20.0 │
│ 40 │ joblib │ 1.5.3 │
│ 41 │ jsonschema │ 4.26.0 │
│ 42 │ jsonschema-specifications │ 2025.9.1 │
│ 43 │ jupyter-cache │ 1.0.1 │
│ 44 │ jupyter-client │ 8.9.1 │
│ 45 │ jupyter-core │ 5.9.1 │
│ 46 │ jupyterlab_widgets │ 3.0.16 │
│ 47 │ kiwisolver │ 1.5.0 │
│ 48 │ latexcodec │ 3.0.1 │
│ 49 │ legacy-api-wrap │ 1.5 │
│ 50 │ markdown-it-py │ 4.2.0 │
│ 51 │ matplotlib │ 3.11.0 │
│ 52 │ matplotlib-inline │ 0.2.2 │
│ 53 │ mdit-py-plugins │ 0.6.1 │
│ 54 │ mdurl │ 0.1.2 │
│ 55 │ memoized-property │ 1.0.3 │
│ 56 │ multidict │ 6.7.1 │
│ 57 │ myst-nb │ 1.4.0 │
│ 58 │ myst-parser │ 5.1.0 │
│ 59 │ narwhals │ 2.22.1 │
│ 60 │ natsort │ 8.4.0 │
│ 61 │ nbclient │ 0.11.0 │
│ 62 │ nbformat │ 5.10.4 │
│ 63 │ nest-asyncio2 │ 1.7.2 │
│ 64 │ numcodecs │ 0.16.5 │
│ 65 │ numpy │ 2.4.6 │
│ 66 │ pandas │ 2.3.3 │
│ 67 │ parso │ 0.8.7 │
│ 68 │ pexpect │ 4.9.0 │
│ 69 │ pillow │ 12.2.0 │
│ 70 │ platformdirs │ 4.10.0 │
│ 71 │ polars │ 1.41.2 │
│ 72 │ polars-runtime-32 │ 1.41.2 │
│ 73 │ pooch │ 1.9.0 │
│ 74 │ prompt_toolkit │ 3.0.52 │
│ 75 │ propcache │ 0.5.2 │
│ 76 │ protobuf │ 7.35.1 │
│ 77 │ psutil │ 7.2.2 │
│ 78 │ ptyprocess │ 0.7.0 │
│ 79 │ pure-eval │ 0.2.3 │
│ 80 │ pyarrow │ 24.0.0 │
│ 81 │ pybtex │ 0.26.1 │
│ 82 │ pybtex-docutils │ 1.0.3 │
│ 83 │ pydata-sphinx-theme │ 0.16.1 │
│ 84 │ pyensembl │ 2.10.1 │
│ 85 │ pyparsing │ 3.3.2 │
│ 86 │ pysam │ 0.24.0 │
│ 87 │ python-dateutil │ 2.9.0.post0 │
│ 88 │ pytz │ 2026.2 │
│ 89 │ pyyaml │ 6.0.3 │
│ 90 │ pyzmq │ 27.1.0 │
│ 91 │ rdkit │ 2026.3.3 │
│ 92 │ referencing │ 0.37.0 │
│ 93 │ regex │ 2026.5.9 │
│ 94 │ rpds-py │ 2026.5.1 │
│ 95 │ safetensors │ 0.8.0 │
│ 96 │ scikit-learn │ 1.9.0 │
│ 97 │ scipy │ 1.17.1 │
│ 98 │ scverse-misc │ 0.0.8 │
│ 99 │ seaborn │ 0.13.2 │
│ 100 │ sentencepiece │ 0.2.1 │
│ 101 │ serializable │ 1.1.0 │
│ 102 │ session-info │ 1.0.1 │
│ 103 │ session-info2 │ 0.4.1 │
│ 104 │ simplejson │ 4.1.1 │
│ 105 │ six │ 1.17.0 │
│ 106 │ soupsieve │ 2.8.4 │
│ 107 │ sphinx-autodoc-typehints │ 3.11.0 │
│ 108 │ sphinx-book-theme │ 1.2.0 │
│ 109 │ sphinx-copybutton │ 0.5.2 │
│ 110 │ sphinx-tabs │ 3.5.0 │
│ 111 │ sphinxcontrib-bibtex │ 2.7.0 │
│ 112 │ sphinxext-opengraph │ 0.13.0 │
│ 113 │ sqlalchemy │ 2.0.51 │
│ 114 │ stack_data │ 0.6.3 │
│ 115 │ stdlib_list │ 0.12.0 │
│ 116 │ tabulate │ 0.10.0 │
│ 117 │ threadpoolctl │ 3.6.0 │
│ 118 │ tinytimer │ 0.0.0 │
│ 119 │ tokenizers │ 0.22.2 │
│ 120 │ torch-geometric │ 2.8.0 │
│ 121 │ tornado │ 6.5.7 │
│ 122 │ tqdm │ 4.68.3 │
│ 123 │ traitlets │ 5.15.1 │
│ 124 │ transformers │ 4.57.6 │
│ 125 │ typechecks │ 0.1.0 │
│ 126 │ typing-extensions │ 4.15.0 │
│ 127 │ tzdata │ 2026.2 │
│ 128 │ wcwidth │ 0.8.1 │
│ 129 │ widgetsnbextension │ 4.0.15 │
│ 130 │ xxhash │ 3.7.0 │
│ 131 │ yarl │ 1.24.2 │
│ 132 │ zarr │ 3.2.1 │
│ 133 │ zipp │ 4.1.0 │
├─────┼───────────────────────────┼─────────────┤
│ # │ name │ version │
╰─────┴───────────────────────────┴─────────────╯
Contributor guide
First steps
- Read the whole issue, then the project's contributing guide.
- Comment on the issue to say you are picking it up — it saves two people doing the same work.
- Fork the repository and make your change on a branch.
- Open a pull request that references the issue number.
Research direction
Start by reproducing the documentation build and tracing the imports that produce the reported torch and embpy.BioEmbedder errors. Determine whether the documentation environment should install or mock the missing dependency, then verify that the build completes without either ModuleNotFoundError.
Written by the indexing model from the issue text.
Assessment
- Tech stack
- python, pytorch
- Domain
- build-system, documentation
- Issue type
- Bug
- Difficulty
- 4/5
- Estimated time
- 3-5 days
- Activity status
- Quiet
- Clarity
- Mostly clear
- Newbie friendliness
- 45/100