False positive about trusted access and biological context

What version of the Codex App are you using (From “About Codex” dialog)?

26.803.61601

What subscription do you have?

Plus plan

What platform is your computer?

macOS

What issue are you seeing?

This content can't be shown
We take extra caution with requests involving biological research and applications that could pose safety risks. Eligible researchers can apply for Trusted Access.

V1 mejorada de la introducción doctoral

Resumen

• Mantener intacto el documento actual:
  /Users/George_A/Documents/Portafolio/002_Thesis_wiki_redaction/thesis-agent/generated/editorial/introduction_candidate.md
• Crear únicamente:
  /Users/George_A/Documents/Portafolio/002_Thesis_wiki_redaction/thesis-agent/generated/editorial/introduction_candidate_v1.md
• No modificar ningún otro archivo del repositorio. El DOCX y el archivo BibTeX quedan aplazados para una fase posterior.

Redacción e investigación

• Reescribir y ampliar la introducción como una narrativa doctoral integrada, no como una concatenación de apartados independientes.
• Seguir el roadmap vigente sin modificarlo y excluir por completo eQTL y variabilidad genética del hospedador.
• Mantener esta progresión:
  1. NGS y biología de sistemas.
  2. Modelado de RNA-seq: expresión diferencial, diseños factoriales, efectos principales, interacciones y enriquecimiento funcional.
  3. Interacciones entre M. tuberculosis y el hospedador.
  4. Latencia, dormancia, persistencia y adaptación.
  5. Disponibilidad de hierro, fuentes de carbono y señales ambientales.
  6. Vacío de conocimiento.
  7. Justificación, objetivos, contribución y estructura de la tesis.
• Usar el contenido actual como base, eliminando repeticiones, mejorando transiciones y construyendo un embudo argumental hacia la pregunta central de la tesis.
• Aplicar la guía académica de humanizer: variación sintáctica natural, afirmaciones calibradas, separación entre evidencia e interpretación, eliminación de fórmulas típicas de IA y preservación exacta del significado científico.
• Usar el artículo conjunto de 2022 únicamente para calibrar la voz académica compartida, sin copiar frases: Frontiers in Microbiology.
• Complementar mediante búsqueda dirigida en fuentes primarias y páginas oficiales. Entre las fuentes iniciales se verificarán Serafini et al., 2021, Theriault et al., 2022, Sturm et al., 2024 y Devlin et al., 2025.
• Incorporar solamente referencias con una función narrativa concreta. No usar preprints ni introducir afirmaciones de prioridad o novedad no demostrables.
• Utilizar citación Vancouver por orden de aparición y añadir la bibliografía completa dentro del mismo Markdown, para que el documento sea autónomo.
• Objetivo orientativo: 7.500–8.500 palabras de cuerpo, sin convertirlo en una cuota si la coherencia exige otra extensión.
• Marcar la V1 como provisional, pendiente de revisión humana y no lista todavía para tesis.

Validación iterativa

• Repetir ciclos de redacción, auditoría y corrección hasta que se cumplan:
  • Orden y función narrativa de los siete apartados.
  • Ausencia de eQTL y de discusiones equivalentes.
  • Correspondencia exacta entre citas numéricas y referencias.
  • DOI, autores, títulos, revistas y años verificados en fuentes oficiales.
  • Ausencia de referencias huérfanas, citas externas del sistema o afirmaciones sustantivas sin respaldo.
  • Ausencia de duplicaciones importantes, transiciones artificiales y patrones de redacción identificables como IA.
  • Conservación de cifras, identificadores, unidades y matices de incertidumbre del documento base, salvo corrección demostrada.
  • Revisión final de ortografía, cohesión, terminología y consistencia científica.
• Ejecutar controles de estructura, recuento de palabras, numeración bibliográfica, términos excluidos, duplicación textual y git diff --check.
• Confirmar mediante git status y revisión del diff que el único cambio producido sea introduction_candidate_v1.md. No se ejecutarán pruebas de código porque no habrá cambios de software.

Criterios de éxito y límites

• El original permanece sin cambios.
• Existe una única V1 autónoma, más extensa, coherente y alineada con el roadmap.
• Todas las referencias añadidas están verificadas y contenidas en el mismo documento.
• No se modifican roadmap, wiki, inventario, corpus, código, archivos de planificación, estilos, DOCX ni BibTeX.
• No se realiza commit.

What steps can reproduce the bug?

Feedback ID: 019ff829-4a96-7591-9d50-eeff44de0d3a

What is the expected behavior?

el resultado esperado seria la ingesta de papers y la redaccion de una introduccion siguiendo mi plan y mis instrucciones guiadas para el mismmo como parte de una revision de literatura

Additional information

No response

The report names no Codex source file or test and provides only Feedback ID 019ff829-4a96-7591-9d50-eeff44de0d3a; start by locating that feedback in the app's handling path and reproducing the refusal on macOS. Done means identifying whether the biological-context block is a false positive and documenting a verified expected behavior without changing the requested thesis files.