跟进 #129：Auto 档下只读操作与工作区外 skill 读取仍逐个弹窗，希望提供持久 allowlist 或默认放行只读

## 现象

Claude Code 会话，权限档选「自动审批（Auto）」后，以下操作仍逐个弹确认，摩擦严重：

- 纯只读工具：Read / Grep / Glob；
- 只读 Bash：ls / cat / head / grep / find / wc 等；
- 读工作区外的 skill 源码（如 `~/.claude/skills/...`），每次都触发「工作区外」审批。

用户不得已手写全局 `~/.claude/settings.json`，加 `permissions.allow` 只读白名单 + `additionalDirectories` 才缓解 —— 这不该是用户自己补的活。

## 根因（参考 #129 已诊断）

#129 问题清单第 7 条已指出：无 app 级持久 allowlist、无 per-project 规则，逐次确认把用户推向 auto/bypass。当前 Cindy 不生成也不维护 settings.json，「记住的命令」跨会话清零。

## 诉求（三选一或组合）

1. 让「自动审批」真正落地为持久 allowlist，至少默认放行只读工具 + 只读命令；
2. 在设置里提供一等的 allowlist 管理（勾选「记住只读命令」），而非让用户手改 JSON；
3. 默认把 `~/.claude/skills`（或整个 `~/.claude`）设为受信目录，读 skill 不该弹。

## 关联

- 锚点：#129（已关闭，其中改进需求第 5 条即「补持久 allowlist」）
- 相邻：#831 / #1077 / #1576 / #204

Start by reviewing the permission behavior described in #129, especially Auto mode, permissions.allow, additionalDirectories, and ~/.claude/settings.json. Determine how remembered commands and out-of-workspace skill reads are currently handled, then define completion against the requested allowlist or settings UI behavior without repeated prompts. Verify the chosen scope with the related issues before implementation.

Written by the indexing model from the issue text.