bug: XD Atlassian Ghost 重启后丢失，每次需重装

### 问题描述 / What happened

## 现象
XD Atlassian 插件安装完成后，重启 Cindy 即显示"未安装"，需要重新走安装流程。反复出现，每次重启都丢失。

## 排查结果

以下数据在重启后仍然完好：
- `ghost-kv\xd-atlassian.json` — 站点默认配置存在
- `safe-storage\owner_*_ghost_*_xd-atlassian_*` — 密钥和 token 完好

以下在重启后丢失：
- `cindy-brain\xd-atlassian\` — Ghost 运行时目录不存在

同一 owner 下的 `cindy-brain` 中只有：

taptap-maker xd-feishu xd-sites xd-xds

没有 `xd-atlassian` 目录。

## 推测
XD Atlassian 通过 `xd-sites` 站点管理器注册加载，`xd-sites` 重启后没有恢复 XD Atlassian 的 Ghost 注册状态，疑似 `xd-sites` 持久化逻辑存在 bug。

### 环境 / Environment

## 环境
- Windows 10
- Cindy 客户端 0.1.38
- XD Atlassian 通过 xd-sites 站点管理安装

### 复现步骤 / Steps to reproduce

1.进入插件页面安装XD Atlassian
2.重启cindy

### 日志与截图 / Logs & screenshots

_No response_

Start by tracing how the xd-sites site manager restores Ghost registrations after Cindy restarts, comparing the persistent ghost-kv and safe-storage entries with the missing cindy-brain/xd-atlassian/ runtime directory. Reproduce the installation and restart sequence; done means XD Atlassian remains installed and its runtime directory is restored after restarting Cindy.

Written by the indexing model from the issue text.