[1991][PR5] 将 Pi 纳入受管 shared-global-skills 扇出

父 Issue：#1991
前置：PR4 项目资源装配与 Pi runtime 来源模型

## 目标
在最终确认 Pi 的运行时装配方式后，把 Pi 纳入 Cindy 的全局/项目 shared skill 管理，避免只改类型账本而实际运行时仍不可见。

## 范围
- 评估 `.agents/.claude/.codex/.pi` 的受管来源关系。
- 决定采用安全 staging、显式 `--skill ` 或受管链接，并记录理由。
- 处理同名冲突、优先级、幂等、清理、循环链接和所有权。
- 覆盖全局 skill 与项目 skill。
- 使用真实 Pi `get_commands` 做加载回归。

## 非目标
- 不链接整个用户 Pi config。
- 不开放 packages/extensions。
- 不只增加 `SkillRootName` 类型而不改变 runtime 装配。

## 验收
- [ ] 全局/项目 skill 的来源和加载状态可追溯。
- [ ] 重复执行不会产生链接/复制污染。
- [ ] 删除来源不会误删真实文件。
- [ ] Claude/Codex 现有扇出测试无回归。
- [ ] Pi runtime manifest 证明预期 skill 已 loaded。

## 执行约束
独立 session、独立 worktree，基于合入 PR4 后的最新 `origin/main` 开始；PR 描述使用 `Refs #1991` 并关联本 Issue。