Dropped routes with "convert routes"

## What I did
I ran "Convert routes to v2 convention" from on a directory that looked like this
tree routes before: 19 directories, 47 files

```
routes/
├── __anonymous
│   ├── change-password.tsx
│   ├── forgot-password.tsx
│   ├── login.tsx
│   ├── logout.tsx
│   └── webhooks.ld-update.tsx
├── __anonymous.health.tsx
├── __anonymous.tsx
├── index.tsx
├── participant
│   ├── sessions
│   │   ├── $courseId
│   │   │   └── assessments
│   │   │   ├── $evaluationId
│   │   │   │   ├── index.tsx
│   │   │   │   └── result.tsx
│   │   │   ├── index.tsx
│   │   │   └── new.tsx
│   │   ├── $courseId.tsx
│   │   └── index.tsx
│   └── sessions.tsx
├── sessions
│   ├── $courseId
│   │   ├── assessments
│   │   │   ├── $assessmentType.$assessmentId
│   │   │   │   ├── $evaluationTemplateId
│   │   │   │   │   ├── evaluate.$participantId.tsx
│   │   │   │   │   ├── index.tsx
│   │   │   │   │   └── response-breakdown.tsx
│   │   │   │   ├── index.tsx
│   │   │   │   └── response-breakdown.tsx
│   │   │   ├── $assessmentType.$assessmentId.tsx
│   │   │   ├── $evaluationId.tsx
│   │   │   ├── components
│   │   │   │   └── AssessmentList.tsx
│   │   │   ├── index.tsx
│   │   │   └── types.ts
│   │   ├── facilitators
│   │   │   └── update.tsx
│   │   ├── participants
│   │   │   ├── index.tsx
│   │   │   ├── results.$participantId.tsx
│   │   │   ├── signin-info
│   │   │   │   ├── index.tsx
│   │   │   │   └── pdf.tsx
│   │   │   └── update.tsx
│   │   ├── participants.tsx
│   │   └── summary
│   │   └── index.tsx
│   ├── $courseId.tsx
│   ├── components.tsx
│   ├── create.tsx
│   └── index.tsx
└── users
├── $userId.change-password.tsx
├── $userId.edit.tsx
├── bulk-import
│   ├── csv.ts
│   ├── facility.tsx
│   ├── index.tsx
│   ├── upload.tsx
│   └── validation-preview.tsx
├── bulk-import.tsx
├── create.tsx
└── index.tsx

19 directories, 47 files
```

npx remix routes before

```

```

## What I observed

It said it succeeded but it lost a lot of files

tree routes after: 1 directory, 19 files

```
routes/
├── _anonymous..login.md
├── _anonymous.change-password.tsx
├── _anonymous.forgot-password.tsx
├── _anonymous.health.tsx
├── _anonymous.login.tsx
├── _anonymous.logout.tsx
├── _anonymous.tsx
├── _anonymous.webhooks.ld-update.tsx
├── _index.tsx
├── participant.sessions.tsx
├── sessions.$courseId.tsx
├── sessions._index.tsx
├── sessions.components.tsx
├── sessions.create.tsx
├── users.$userId.change-password.tsx
├── users.$userId.edit.tsx
├── users._index.tsx
├── users.bulk-import.tsx
└── users.create.tsx

1 directory, 19 files
```

npx remix routes after

```

```

It's not clear to me what the issue is, but hopefully the before/after routes will help. Let me know if I can do any thing to give more data or context.