Sugestão de melhorias

Declarar a struct no arquivo funcionario.c e não no funcionario.h;
Incluir as bibliotecas no bibliotecas nos arquivos funcionario.c e main.c;
Nome do arquivo funcionario.c começando com letra maiúscula;
Criar os arquivo antes de chamar a função ordenarLinhasArquivo();
Problemas não resolvidos: Quando tenta cadastrar um novo funcionário, pergunta se quer cadastras o funcionário ou não, essa pergunta atrapalha o código e não deixa ele funcionar direito.
LINK:https://github.com/nestorfranca/QuickSortEmployee

Start by reading funcionario.c, funcionario.h, and main.c, then trace how ordenarLinhasArquivo() is called and reproduce the employee-registration prompt. Review the requested declaration, include, filename, and file-creation changes together with the registration problem. Done means these changes are applied and employee registration and sorting work without the interfering question.

Written by the indexing model from the issue text.