angelolab / angelolab/ark-analysis

`numba` parallelization fault with `relabel_segmentation`

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bug
Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
108
Forks
31
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

**Describe the bug**

When running functions that depend on `relabel_segmentation` (ex. the mask generation functions), the process will error out with an OMP error. This seems directly related to `numba` since it's the parallelization driver of this function and almost certainly relies on OpenMP to facilitate this.

@jranek confirmed that converting this function into a non-numba-based routine fixed it.

**Expected behavior**

There should be no error.

**To Reproduce**

![Screenshot 2024-04-19 at 9 15 09 AM](https://github.com/angelolab/ark-analysis/assets/31424707/c2a203d9-dce6-40cc-a46a-43ac2e7a3c23)

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