althonos/pyrodigal

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Cython bindings and Python interface to Prodigal, an ORF finder for genomes and metagenomes. Now with SIMD!

星號: 189
分支: 11
開放的新手 issue: 0
已索引 issue: 12

主要語言: Cython
授權條款: GPL-3.0
最近 GitHub push: 2026年3月17日
最近索引: 2026年9月13日
貢獻指南: 貢獻指南
行為準則: 沒有行為準則
新手標籤: 沒有已索引的新手標籤
PR 合併指標: 30 天內沒有已合併 PR

未關閉全部

目前已索引 12 個未關閉的 Issue

Inconsistent start score computed for some genes 未關閉

bug

althonos/pyrodigal#19 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
different result comparing to prodigal 未關閉

question

althonos/pyrodigal#42 · 3 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
selenoproteins? 未關閉

question

althonos/pyrodigal#43 · 2 則留言 · 2 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
add ORGANISM label to GBK output 未關閉

question

althonos/pyrodigal#45 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Enforce start codon in pyrodigal ORF prediction 未關閉

enhancement

althonos/pyrodigal#64 · 3 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
support detection of RBS across linear chromosome breakpoint ? 未關閉

enhancement

althonos/pyrodigal#65 · 19 則留言 · 2 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Support for circular sequences 未關閉

enhancement

althonos/pyrodigal#67 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
corresponding ORF not called in different isolates despite identical sequence 未關閉

external

althonos/pyrodigal#68 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Incorporating a pyrrolysine-encoding translation table (34) into pyrodigal 未關閉

enhancement

althonos/pyrodigal#74 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Pyrodigal misses a valid CDS in the input FASTA file 未關閉

external

althonos/pyrodigal#75 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Add RBS feature line 未關閉

enhancement

althonos/pyrodigal#78 · 1 則留言 · 1 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日
Genes with internal stop codons predicted from ambiguous bases 未關閉

enhancement

althonos/pyrodigal#80 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月13日

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