althonos / althonos/pyhmmer

Possibility to filter alignment results on coverage between HMM and target

Đang mở
#27 6 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
question
Ngôn ngữ chính
Cython
Star
170
Fork
20
Merge trung bình
58 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Mô tả

Hi !

I was searching if that's possible to report the alignment coverage on the HMM and the target. I'm using the [PADLOC-DB](https://github.com/padlocbio/padloc-db) as HMM database and I notice that they include `hmm.coverage.threshold` and `target.coverage.threshold` to filter results in there [metadata file](https://github.com/padlocbio/padloc-db/blob/master/hmm_meta.txt).

So I was searching if these values were in the HIT object, but they're not, and I don't find them in the documentation. Did I miss something ?

Thanks

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.