aiidalab / aiidalab/aiidalab-widgets-base
Add XTB optimizer structure editor
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 10
- Fork
- 19
- Merge trung bình
- 1 ngày 22 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 20
Mô tả
It could be very useful, for example when generating molecules from smiles, to add the posisbility of optimizing a structure with xtb this can be done as follows:
(see https://github.com/pgasparo/smiles2ase also for one example)
suppose mol is an ase structure:
```python
from xtb.ase.calculator import XTB
mol.pbc=False #needed
mol.calc=XTB(method="GFNFF")
## example on how to fux atoms below:
from ase.constraints import FixAtoms
fix_z=max(mol[np.where(np.asarray(mol.get_chemical_symbols())=="Au")[0]].positions[:,2])
idatoms_tobefixed = np.where(mol.positions[:,2]
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Đánh giá
Issue này chưa được đánh giá.