aiidalab / aiidalab/aiidalab-widgets-base

Add XTB optimizer structure editor

Đang mở
#161 3 bình luận 0 reaction 1 người được giao Được @danielhollas nhận Xem trên GitHub
enhancement
Ngôn ngữ chính
Python
Star
10
Fork
19
Merge trung bình
1 ngày 22 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
20

Mô tả

It could be very useful, for example when generating molecules from smiles, to add the posisbility of optimizing a structure with xtb this can be done as follows:

(see https://github.com/pgasparo/smiles2ase also for one example)

suppose mol is an ase structure:
```python
from xtb.ase.calculator import XTB
mol.pbc=False #needed
mol.calc=XTB(method="GFNFF")
## example on how to fux atoms below:
from ase.constraints import FixAtoms

fix_z=max(mol[np.where(np.asarray(mol.get_chemical_symbols())=="Au")[0]].positions[:,2])
idatoms_tobefixed = np.where(mol.positions[:,2]

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.