[bug] env.yaml 缺少顶层 variables: 时被静默当成空，导致所有工具的 MCP 注入全部被跳过，且 doctor 仍报通过

English summary — EnvYamlSchema is z.object({ variables: z.array(...).default([]) }).
A env/env.yaml written in the natural shorthand form (JIRA_PASSWORD: "x") has no
top-level variables: key, so zod strips it and the .default([]) silently yields an
empty array. EnvHandler.pullItem() then hits if (envConfig.variables.length === 0) return;
and returns with no output of any kind. Result: the variable table is empty for the
whole run, every MCP entry referencing ${VAR} is skipped across all tools with
unresolved variable(s), and teamai doctor still prints All checks passed!.
Nothing in the output points at env.yaml's shape being the cause.

Description

env/env.yaml 用最自然的写法时：

JIRA_PASSWORD: "<secret>"

teamai pull 会完全静默地把变量表当成空的，连带把所有工具的 MCP 注入全部跳过，但输出里没有任何一行指向 env.yaml 的结构问题。

现象链：

$ teamai pull
[mcp] claude/jira:   skipped — unresolved variable(s): JIRA_PASSWORD
[mcp] cursor/jira:   skipped — unresolved variable(s): JIRA_PASSWORD
[mcp] codebuddy/jira: skipped — unresolved variable(s): JIRA_PASSWORD
       ...（每个启用的工具各一行）

$ teamai mcp list
secrets: (none)
installed: (none)

$ teamai doctor
✔ All checks passed!

于是用户看到的是「MCP 装不上」，自然去查 MCP 定义、查工具配置、查网络——而真正的原因在 env/env.yaml 的顶层键名上，且这条信息在整个输出里一次都没出现过。

改成 variables: 数组后，同样的定义立刻全部注入成功：

variables:
  - key: JIRA_PASSWORD
    value: "<secret>"

$ teamai mcp list
secrets: JIRA_PASSWORD (all set)
installed: claude, cursor, codebuddy

也就是说：一个 YAML 键名的差异，决定全部 MCP 注入的成败，而 CLI 对这两种写法给出的反馈完全一样（都是零）。

Root cause

EnvYamlSchema 把 variables 设成了带默认值的数组，而 zod 默认会剥掉未声明的顶层键，所以简写形式不仅不报错，还会"成功地"解析出一个空数组：

EnvYamlSchema = z.object({
  variables: z.array(EnvVariableSchema).default([])
});

env handler 拿到空数组后直接 return，没有任何 log：

async pullItem(item, teamConfig, localConfig) {
  const content = await readFileSafe(item.sourcePath);
  if (!content) return;
  let envConfig;
  try {
    const raw = YAML7.parse(content);
    envConfig = EnvYamlSchema.parse(raw);
  } catch (e) {
    log.warn(`Invalid env.yaml format: ${e.message}`);   // 只有 YAML 语法错才走到这里
    return;
  }
  if (envConfig.variables.length === 0) return;          // ← 简写形式落在这，静默返回
  ...
}

注意 catch 里的 Invalid env.yaml format 只在 YAML 语法错误时触发。简写形式是合法 YAML，只是结构不符，所以连这句警告都不会出现。

同样地，countEnvVars() 也把异常吞掉并返回 0：

async countEnvVars(sourcePath) {
  const content = await readFileSafe(sourcePath);
  if (!content) return 0;
  try {
    const raw = YAML7.parse(content);
    const envConfig = EnvYamlSchema.parse(raw);
    return envConfig.variables.length;
  } catch {
    return 0;                                            // 静默
  }
}

下游 MCP 侧的失败信息也只有一句，指向的是变量名而不是源头：

const { def: resolved, missing } = resolvePlaceholders(raw, vars);
if (missing.length > 0) {
  changes.push({
    tool: target.tool,
    server: raw.name,
    action: "skipped",
    reason: `unresolved variable(s): ${missing.join(", ")}`
  });
  continue;
}

而 doctor 里没有任何一项检查会覆盖 env.yaml 的可解析性/非空性，所以三项检查全绿，和实际状态完全脱节。

Reproduction

1. Windows / macOS 任一平台，teamai 0.24.0，团队仓库里放一个用简写写法的 env/env.yaml：

   JIRA_PASSWORD: "whatever"
   

2. 团队仓库里有一个引用 ${JIRA_PASSWORD} 的 MCP 定义（例如 mcp/mcp.yaml 中的 jira 服务，env.JIRA_PASSWORD: "${JIRA_PASSWORD}"）。

3. teamai pull → 每个启用的工具各打一行 skipped — unresolved variable(s): JIRA_PASSWORD，没有任何一行提到 env.yaml。

4. teamai mcp list → secrets: (none) / installed: (none)。

5. teamai doctor → ✔ All checks passed!（假通过）。

6. 只把 env.yaml 改成 variables: 数组，其它一律不动，重跑 teamai pull → 全部注入成功。

Environment

• OS: Windows 11 25H2 (10.0.26200)
• Node.js: v22.22.2
• teamai: 0.24.0
• Provider: GitHub
• AI tool(s): WorkBuddy / CodeBuddy（但跳过行为对所有工具生效）

Suggested fix

按性价比排序，任一条都能把静默失败变成可诊断的失败：

1. 空数组要出声。 把 if (envConfig.variables.length === 0) return; 改成带警告的返回，例如：
   log.warn("env/env.yaml resolved to 0 variables. Expected a top-level variables: list of {key, value}.")。
   这一句就能把绝大多数此类问题在 5 秒内定位。
2. 识别并拒绝简写形式。 把 EnvYamlSchema 收紧为 .strict()，或在解析前检查顶层是否含有非 variables 的键；也可主动兼容 KEY: value 的平铺写法（很多用户的第一直觉就是那样写），二选一都比静默留空好。
3. countEnvVars() 不要吞异常。 空结果与解析失败是两件事，现在都返回 0，调用方无从区分。
4. 给 doctor 加一项检查。 断言「env.yaml 存在 ⇒ 解析出的变量数 > 0 且已写入 env.sh」，否则报错并给出修复提示。目前三项检查全绿而 MCP 一个都没装上的组合，是最容易被误判成"没问题"的状态。

Logs

$ cat env/env.yaml
JIRA_PASSWORD: "***"

$ teamai pull
... 
[mcp] claude/jira:    skipped — unresolved variable(s): JIRA_PASSWORD
[mcp] cursor/jira:    skipped — unresolved variable(s): JIRA_PASSWORD
[mcp] codebuddy/jira: skipped — unresolved variable(s): JIRA_PASSWORD

$ teamai mcp list
secrets: (none)
installed: (none)

$ teamai doctor
✔ All checks passed!

$ cat env/env.yaml
variables:
  - key: JIRA_PASSWORD
    value: "***"

$ teamai mcp list
secrets: JIRA_PASSWORD (all set)
installed: claude, cursor, codebuddy

Start by locating EnvYamlSchema, EnvHandler.pullItem(), countEnvVars(), and the doctor checks described in the report, then reproduce the shorthand env/env.yaml case with teamai pull, mcp list, and doctor. Trace how the empty parsed variables reach MCP resolution and reporting; done means the invalid shape is surfaced with an actionable env.yaml diagnostic and doctor no longer reports success for this state.