RosettaCommons/RFdiffusion

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Code for running RFdiffusion

Sterne: 3.1k
Forks: 644
Offene Anfänger-Issues: 0
Indexierte Issues: 222

Vorherrschende Sprache: Python
Lizenz: Keine Lizenzdaten
Letzter GitHub-Push: 15.7.2026
Zuletzt indexiert: 20.9.2026
Beitragsleitfaden: Kein Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Kein Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: Keine Anfänger-Labels indexiert
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

Bisher 222 offene Issues indexiert

Designing a symmetric binder Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#456 · 3 Kommentare · Erstellt am 08.6.2026
Two-sided partial diffusion with sequence gaps? Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

RosettaCommons/RFdiffusion#453 · 1 Kommentar · Erstellt am 18.5.2026
RF diffusion colab- RMSD Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#449 · Erstellt am 03.4.2026
5070Ti cuda error Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#444 · 6 Kommentare · Erstellt am 17.3.2026
Deformation of coordinate space Offen

question

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#443 · Erstellt am 24.2.2026
Job crash (Segmentation fault) during run Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#442 · Erstellt am 20.2.2026
Contradiction between RFD3 design and AF3 prediction Offen

question

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#440 · 3 Kommentare · Erstellt am 27.1.2026
How to make it work properly on CUDA 13 with an RTX 5090? Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100

RosettaCommons/RFdiffusion#439 · 1 Kommentar · Erstellt am 14.1.2026
The Colab notebook Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

RosettaCommons/RFdiffusion#438 · 2 Kommentare · Erstellt am 09.1.2026
Numpy problem when running with Docker Offen

RosettaCommons/RFdiffusion#435 · 3 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 12.12.2025
The cyclic peptides generated by RFdiffusion are not closed. Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#434 · 1 Kommentar · Erstellt am 08.12.2025
Error: Multiple chain IDs in chain: {'A', 'B'} Offen

RosettaCommons/RFdiffusion#432 · 3 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 06.12.2025
Primary config directory not found. Offen

RosettaCommons/RFdiffusion#431 · 6 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 03.12.2025
With symmetry, Hydra throws minor warning Offen

Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 55/100

RosettaCommons/RFdiffusion#427 · Erstellt am 23.11.2025
Seeking guidance on hotspot specification and unexpected results Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#423 · 2 Kommentare · Erstellt am 18.11.2025
outdated requirements, how to install on cuda 12.x and python 3.11 or later ? Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#422 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 17.11.2025
Installation support for Windows / WSL users (CUDA, DGL, cu117 issues) Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#421 · 1 Kommentar · Erstellt am 13.11.2025
How to generate multiple helices instead of one long helix when extending a protein backbone with RFdiffusion？ Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#414 · 3 Kommentare · Erstellt am 23.10.2025
AME Benchmark Clarification Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#412 · 2 Kommentare · Erstellt am 18.10.2025
Cannot install RFDiffusion on VM with X86-64, pytorch_cuda-12.8.1, RTX 5090 GPU Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 28/100

RosettaCommons/RFdiffusion#411 · 4 Kommentare · Erstellt am 17.10.2025
AttributeError: 'SelfConditioning' object has no attribute 'idx_pdb' Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

RosettaCommons/RFdiffusion#408 · 2 Kommentare · Erstellt am 28.9.2025
Cyclic peptide design issues Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#406 · 2 Kommentare · Erstellt am 27.9.2025
Question: RFpeptides Branch - Should I clone the branch directly or merge with main for containerization? Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#405 · 3 Kommentare · Erstellt am 26.9.2025
Missing sidechain of target in output Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#403 · 6 Kommentare · Erstellt am 23.9.2025
Cyclic peptide structure prediction Offen

Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#401 · 1 Kommentar · Erstellt am 16.9.2025
No cyclic backbones are generated with RFpeptide! Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#400 · 4 Kommentare · Erstellt am 16.9.2025
Succes rate Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#399 · 5 Kommentare · Erstellt am 11.9.2025
Cannot install RFDiffusion on aarch 64, Ubuntu 22.04, CUDA 12.8 (GH200 GPUs) Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#398 · 8 Kommentare · Erstellt am 07.9.2025
different protein samples Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#397 · Erstellt am 04.9.2025
Is it possible to design Symmetric Oligomers binding to target protein Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 28/100

RosettaCommons/RFdiffusion#396 · 2 Kommentare · Erstellt am 29.8.2025
RFdiffusion Colab Setup Cell Not Working: ModuleNotFoundError: torchdata.datapipes Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#394 · 1 Kommentar · Erstellt am 22.8.2025
No module named 'yaml' Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

RosettaCommons/RFdiffusion#393 · Erstellt am 21.8.2025
Decreasing Success Rate in Binder Design Across Repeated, Independent Runs with Identical Parameters Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#391 · 4 Kommentare · Erstellt am 21.8.2025
Question: Exploring the Optimal Range for Denoising Timesteps (Iterations) in Binder Design Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#389 · 4 Kommentare · Erstellt am 18.8.2025
partial diffusion with an antibody-antigen complex structure Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

RosettaCommons/RFdiffusion#388 · 1 Kommentar · Erstellt am 17.8.2025
Example of Improved Protein Binder Design Using Beta-Pairing Targeted RFdiffusion Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#385 · 1 Reaktion · Erstellt am 12.8.2025
RuntimeError: mat1 and mat2 shapes cannot be multiplied (192721x92 and 103x64) Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 10/100

RosettaCommons/RFdiffusion#384 · 1 Kommentar · Erstellt am 06.8.2025
Problem while installing LigandMPNN Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#383 · 2 Kommentare · Erstellt am 05.8.2025
RFPpeptides protocol Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#375 · 12 Kommentare · Erstellt am 24.7.2025
Inquiry Regarding Running RFdiffusion Colab Notebook (diffusion.ipynb) on ARM64 Architecture (Jupyter Notebook Attempt Failed) Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#374 · 6 Kommentare · Erstellt am 23.7.2025
[Bug] ModuleNotFoundError: No module named 'torchdata.datapipes' on Linux aarch64 (DGL incompatibility) Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#373 · 2 Kommentare · Erstellt am 22.7.2025
RuntimeError: PytorchStreamReader failed reading zip archive: failed finding central directory Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100

RosettaCommons/RFdiffusion#372 · Erstellt am 19.7.2025
why cyclic peptide doesnt work for chain b Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#371 · 1 Kommentar · Erstellt am 18.7.2025
RuntimeError: CUDA error: CUBLAS_STATUS_NOT_INITIALIZED when calling `cublasCreate(handle)` Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#369 · 2 Kommentare · Erstellt am 17.7.2025
Possible error in receptor_con_hal_idx0 variable in trb file Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

RosettaCommons/RFdiffusion#368 · 1 Reaktion · Erstellt am 16.7.2025
Picking Hotspot Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#367 · 1 Kommentar · Erstellt am 16.7.2025
Question on intended bin definitions for L2D Loss in RFDiffusion Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#366 · Erstellt am 15.7.2025
Design cyclic peptides with disulfide cyclization Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

RosettaCommons/RFdiffusion#364 · 1 Kommentar · Erstellt am 10.7.2025
Issue with Cyclic Peptide Generation Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 32/100

RosettaCommons/RFdiffusion#363 · 11 Kommentare · Erstellt am 10.7.2025
Incorrect output pdb format after binder design on Colab notebook Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

RosettaCommons/RFdiffusion#362 · 4 Kommentare · Erstellt am 08.7.2025

RosettaCommons/RFdiffusion

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