Error installing RcppParallel 5.1.7 RcppParallel.so: undefined symbol:
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- build-system
Hướng nghiên cứu
Reproduce the failure with R CMD INSTALL RcppParallel_5.1.7.tar.gz on the reported Red Hat Linux, R, and GCC versions. Start with src/tbb/include/tbb/compat/iterator.h and the bundled TBB build output, then inspect the RcppParallel.so load failure. Done means the package installs and loads without the undefined-symbol error.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Good Day!
Redhat Linux 7.9
R version 4.2.3
RcppParallel 5.1.7
gcc version 4.8
When installing RcppParallel using the command R CMD INSTALL RcppParallel_5.1.7.tar.gz it fails with below error:
- installing to library ‘/opt/opensource/R/R-4.2.3/lib64/R/library’
- installing source package ‘RcppParallel’ ...
** package ‘RcppParallel’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** preparing to configure package 'RcppParallel' ...
*** configured file: 'R/tbb-autodetected.R.in' => 'R/tbb-autodetected.R'
*** configured file: 'src/Makevars.in' => 'src/Makevars'
*** configured file: 'src/install.libs.R.in' => 'src/install.libs.R'
** finished configure for package 'RcppParallel'
** libs
(tbb) Building TBB using bundled sources ...
make[1]: Entering directory/tmp/RtmpLGkjWv/R.INSTALL711a1df2519e/RcppParallel/src/tbb/src' OS: linux arch=intel64 compiler=gcc runtime=cc4.8.5_libc2.17_kernel3.10.0 tbb_build_prefix=linux_intel64_gcc_cc4.8.5_libc2.17_kernel3.10.0 work_dir=/tmp/RtmpLGkjWv/R.INSTALL711a1df2519e/RcppParallel/src/build/linux_intel64_gcc_cc4.8.5_libc2.17_kernel3.10.0_release make[1]: Leaving directory/tmp/RtmpLGkjWv/R.INSTALL711a1df2519e/RcppParallel/src/tbb/src'
make[1]: Entering directory/tmp/RtmpLGkjWv/R.INSTALL711a1df2519e/RcppParallel/src/tbb/src' Created ../build/lib_release directory make -C "../build/lib_release" -r -f ../../build/Makefile.tbb cfg=release make[2]: Entering directory/tmp/RtmpLGkjWv/R.INSTALL711a1df2519e/RcppParallel/src/tbb/build/lib_release'
../../build/Makefile.tbb:28: CONFIG: cfg=release arch=intel64 compiler=gcc target=linux runtime=cc4.8.5_libc2.17_kernel3.10.0
g++ -I../inst/include -o concurrent_hash_map.o -c -MMD -DDO_ITT_NOTIFY -O2 -DUSE_PTHREAD -m64 -mrtm -fpic -D__TBB_BUILD=1 -Wall -Wextra -g -O2 -DTBB_NO_LEGACY=1 -I../../src -I../../src/rml/include -I../../include ../../src/tbb/concurrent_hash_map.cpp
In file included from ../../include/tbb/concurrent_hash_map.h:26:0,
from ../../src/tbb/concurrent_hash_map.cpp:17:
../../include/tbb/compat/iterator.h:19:11: error: expected nested-name-specifier before ‘iterator_category’
using iterator_category = Category;
^
../../include/tbb/compat/iterator.h:19:11: error: using-declaration for non-member at class scope
../../include/tbb/compat/iterator.h:19:29: error: expected ‘;’ before ‘=’ token
using iterator_category = Category;
^
../../include/tbb/compat/iterator.h:19:29: error: expected unqualified-id before ‘=’ token
../../include/tbb/compat/iterator.h:20:11: error: expected nested-name-specifier before ‘value_type’
using value_type = T;
^
../../include/tbb/compat/iterator.h:20:11: error: using-declaration for non-member at class scope
../../include/tbb/compat/iterator.h:20:22: error: expected ‘;’ before ‘=’ token
using value_type = T;
^
../../include/tbb/compat/iterator.h:20:22: error: expected unqualified-id before ‘=’ token
../../include/tbb/compat/iterator.h:21:11: error: expected nested-name-specifier before ‘difference_type’
using difference_type = Distance;
^
../../include/tbb/compat/iterator.h:21:11: error: using-declaration for non-member at class scope
../../include/tbb/compat/iterator.h:21:27: error: expected ‘;’ before ‘=’ token
using difference_type = Distance;
^
../../include/tbb/compat/iterator.h:21:27: error: expected unqualified-id before ‘=’ token
../../include/tbb/compat/iterator.h:22:11: error: expected nested-name-specifier before ‘pointer’
using pointer = Pointer;
^
../../include/tbb/compat/iterator.h:22:11: error: using-declaration for non-member at class scope
../../include/tbb/compat/iterator.h:22:19: error: expected ‘;’ before ‘=’ token
using pointer = Pointer;
^
../../include/tbb/compat/iterator.h:22:19: error: expected unqualified-id before ‘=’ token
../../include/tbb/compat/iterator.h:23:11: error: expected nested-name-specifier before ‘reference’
using reference = Reference;
^
../../include/tbb/compat/iterator.h:23:11: error: using-declaration for non-member at class scope
../../include/tbb/compat/iterator.h:23:21: error: expected ‘;’ before ‘=’ token
using reference = Reference;
^
../../include/tbb/compat/iterator.h:23:21: error: expected unqualified-id before ‘=’ token
make[2]: *** [concurrent_hash_map.o] Error 1
make[2]: Leaving directory/tmp/RtmpLGkjWv/R.INSTALL711a1df2519e/RcppParallel/src/tbb/build/lib_release' make[1]: *** [tbb_release] Error 2 make[1]: Leaving directory/tmp/RtmpLGkjWv/R.INSTALL711a1df2519e/RcppParallel/src/tbb/src'
g++ -std=gnu++11 -I"/opt/opensource/R/R-4.2.3/lib64/R/include" -DNDEBUG -I../inst/include -I/usr/local/include -std=gnu++11 -DRCPP_PARALLEL_USE_TBB=1 -DTBB_SUPPRESS_DEPRECATED_MESSAGES=1 -fpic -g -O2 -c init.cpp -o init.o
g++ -std=gnu++11 -I"/opt/opensource/R/R-4.2.3/lib64/R/include" -DNDEBUG -I../inst/include -I/usr/local/include -std=gnu++11 -DRCPP_PARALLEL_USE_TBB=1 -DTBB_SUPPRESS_DEPRECATED_MESSAGES=1 -fpic -g -O2 -c options.cpp -o options.o
g++ -std=gnu++11 -shared -L/opt/opensource/R/R-4.2.3/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o RcppParallel.so init.o options.o -L/opt/opensource/R/R-4.2.3/lib64/R/lib -lR
installing via 'install.libs.R' to /opt/opensource/R/R-4.2.3/lib64/R/library/00LOCK-RcppParallel/00new/RcppParallel
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Error: package or namespace load failed for ‘RcppParallel’:
.onLoad failed in loadNamespace() for 'RcppParallel', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/opt/opensource/R/R-4.2.3/lib64/R/library/00LOCK-RcppParallel/00new/RcppParallel/libs/RcppParallel.so':
/opt/opensource/R/R-4.2.3/lib64/R/library/00LOCK-RcppParallel/00new/RcppParallel/libs/RcppParallel.so: undefined symbol: _ZN3tbb10interface58internal9task_base7destroyERNS_4taskE
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed - removing ‘/opt/opensource/R/R-4.2.3/lib64/R/library/RcppParallel’
As noticed as well, the folder path and file 00LOCK-RcppParallel/00new/RcppParallel/libs/RcppParallel.so was not created
Appreciate any suggestions.
Thanks
- Ngôn ngữ chính
- C++
- Star
- 173
- Fork
- 60
- Merge trung bình
- 1 giờ 55 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 2
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của RcppCore/RcppParallel
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100
RcppCore/RcppParallel#239 · 6 bình luận ·
-
Errors during instalation Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100
RcppCore/RcppParallel#228 · 1 bình luận ·
-
Mac ARM installation failed Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
RcppCore/RcppParallel#227 · 6 bình luận ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
RcppCore/RcppParallel#216 · 5 bình luận ·
-
Support of long vectors Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
RcppCore/RcppParallel#213 ·
Tất cả issue của RcppCore/RcppParallel
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 86/100
-
Sensor initialization takes very long when `--initial-sim-time` is set to current UNIX timestamp Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
gazebosim/gz-sensors#662 · 1 bình luận ·
-
enhancement
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
-
comp-datalake
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
ClickHouse/ClickHouse#121222 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
LadybirdBrowser/ladybird#12123 ·