Mise en place d'une clean archi simple sur le projet

# 🏗️ Refactor MCP Application vers Clean Architecture

## 📋 Contexte
L'application MCP actuelle mélange logique métier, accès aux données, intégration SDK et définition des tools. Cette forte dépendance croisée rend les tests unitaires complexes, freine l'évolutivité et complique l'intégration de nouvelles fonctionnalités (auth, rate limiting, monitoring, etc.). Nous proposons de refactorer le code pour suivre les principes de la Clean Architecture : **séparation des responsabilités, inversibilité des dépendances et testabilité maximale de la logique métier**.

## 🎯 Objectifs
- Séparer clairement les préoccupations : `Endpoints/Tools` (interface MCP), `Services` (logique métier), `Infrastructure` (DB, clients externes, wiring MCP)
- Rendre la logique métier **framework-agnostic** (indépendante de FastAPI, MCP SDK, SQLAlchemy, etc.)
- Faciliter les tests unitaires et d'intégration via des interfaces (ports/adapters)
- Préparer l'évolution future (authentification, multi-tenancy, nouveaux tools) sans casser les couches existantes

Start by inspecting the current application structure and locating the MCP tools, services, infrastructure, database and external-client integrations, and wiring described in the issue. Define boundaries and interfaces that separate framework-agnostic business logic from FastAPI, MCP SDK, and SQLAlchemy; done means the responsibilities are separated and the business logic can be unit-tested independently.

Written by the indexing model from the issue text.