[markdown] html short code remove markdown formating 2

Hello @jeherve

I get the same bug please see [#1151](https://github.com/Automattic/jetpack/issues/1151) . This time I really have `wpcom-markdown` with this post type and the shortcode (custom made this time) only display the content of an other post type (please see the code bellow).

**Content in the WordPress Editor of the custom post type at the beginning**

```
### Sommaire

[plan-module post_id="5719"]

[plan-module post_id="5724"]

[plan-module post_id="5726"]

### Ressources

Toutes les ressources liées au module.

#### Liste de plugins utilisés durant le WordPress 1

* [Admin Menu Reorder](https://wordpress.org/plugins/admin-menu-reorder/ "Ouverture"): Pour réorganiser ses menus dans l'admin.
* [BackWPUp](https://wordpress.org/plugins/backwpup/): pour les sauvegardes
* [Black Studio TinyMCE Widget](https://wordpress.org/plugins/black-studio-tinymce-widget/ "Ouverture"): Widget avec un éditeur visuel de type page ajouté
* [Easy FancyBox](https://wordpress.org/plugins/easy-fancybox/): Pour ajouter des effets lightbox sur les images.
* [Jetpack par WordPress.com](https://wordpress.org/plugins/jetpack/ "Ouverture"): Ensemble de plugins incontournables (partage, formulaire, effets de galerie...)
* [Meta Slider](https://wordpress.org/plugins/ml-slider/ "Ouverture"): Pour ajouter des widgets personnalisés

```

**Content in the WordPress Editor of the custom post type after a while**

```

Sommaire

[plan-module post_id="5719"]

[plan-module post_id="5724"]

[plan-module post_id="5726"]

Ressources

Toutes les ressources liées au module.

Liste de plugins utilisés durant le WordPress 1

• Admin Menu Reorder: Pour réorganiser ses menus dans l'admin.


• BackWPUp: pour les sauvegardes


• Black Studio TinyMCE Widget: Widget avec un éditeur visuel de type page ajouté


• Easy FancyBox: Pour ajouter des effets lightbox sur les images.


• Jetpack par WordPress.com: Ensemble de plugins incontournables (partage, formulaire, effets de galerie...)


• Meta Slider: Pour ajouter des widgets personnalisés

```

**Code for the shortcode used at the beginning**

```
/**
* Short code plan module
*
* Pour affichier les plan de module en y insérant le shortcode suivant
* [plan-module post_id="$id"]
* @since 1.0
* @author Grégoire Noyelle
*/

add_shortcode( 'plan-module', 'gncom_plan_shortcode' );
function gncom_plan_shortcode( $atts ) {

// Pull in shortcode attributes and set defaults
$atts = shortcode_atts( array(
'post_id' => false
), $atts, 'plan-module' );

// attribut ID
$post_id = $atts['post_id']; // Sanitized later as an array of integer

// Set up initial query for post
$args = array(
'post_type' => 'gnpost_planmod',
'post__in' => array( $post_id ),
);

// Query
$plan = new WP_Query( $args );

while ( $plan->have_posts() ): $plan->the_post(); global $post;

$content = '';

/** This filter is documented in wp-includes/post-template.php */
$content .= '

';

endwhile; wp_reset_postdata();

return $content;
}
```

Thanks

Start with the referenced issue #1151 and the custom `gncom_plan_shortcode` entry point, especially its `get_the_content()` call and the documented filter in `wp-includes/post-template.php`. Reproduce the change from Markdown to HTML in the custom post type, then establish why shortcode-rendered content is reformatted and verify that the intended content formatting is preserved.

Written by the indexing model from the issue text.